桑属its、trnl-f、rps16序列与进化分析

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1、中国农业科学ScientiaAgriculturaSinica桑属ITS、trnL-F、rps16序列与进化分析陈仁芳1,张泽1,2，唐洲2，余茂德1,徐立1,王茜玲1（1西南大学生物技术学院/农业部蚕桑学重点开放实验室，重庆北碚400715；2重庆大学农学及生命科学研究院,重庆400030)摘要：【目的】分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列，探讨系统学价值。【方法】67份桑资源，经DNA提取、PCR扩增、测序，测序结果用软件拼接、比对，并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析，计算其长度、G+C（或A+T）含量、

2、变异位点、信息位点，将3个序列合并，以构树、柘树为外类群，采用MP法分析进化关系。【结果】桑ITS（包括5.8S）基本序列长度为576bp，变异范围为576—590bp，G+C含量为59.55%—62.25%，40个信息位点；trnL-F（包括tRNA-Leu内含子）基本序列长度为923bp，变异范围为920—924bp，A+T含量为65.87%—66.31%，23个信息位点；rps16内含子基本序列长度为929bp，变异范围为923—929bp，A+T含量为67.28%—67.49%，17个信息位点。3个序列的最适碱基进化模型分别为（GTR+G）、（GTR

3、)、（GTR+G），可能的分支概率—混合卡方概率值分别为0.000001、0.027175和0.000222，3个片段合并最适碱基进化模型为（GTR+G），基于模型用MP法分析，在2538个位点中，有80个信息位点。分支图结果表明，首先将黑桑（M.nigra）分出，其它桑种分成2支，第一支包括长穗桑、瑞穗桑、蒙桑、鬼桑、鸡桑、山桑、白桑和广东桑，第二支包括华桑、奶桑和川桑。【结论】桑属trnL-F和rps16序列信息位点有限，单独研究桑属系统学，价值不大，与ITS序列合并研究，则能增加分支图的信息位点，使分支图更近于似然。基于ITS、trnL-F、rps16

4、序列MP分支图，新疆黑桑为最原始类型，乌克兰等栽培种为进化类型。关键词:桑属；ITS、trnL-F、rps16序列；MP分析法；进化关系MorusITS,trnL-F,rps16SequenceandPhylogeneticAnalysisofMulberryResourcesCHENRen-fang1,ZHANGZe1.2,TANGZhou2,YUMao-de1,XULi1,WANGXiling1（1CollegeofBiotechnology,SouthwestUniversity/KeySericulturalLaboratoryofMinistryo

5、fAgriculture,Beibei400716,Chongqing;2TheInstituteofAgriculturalandLifeSciencesChongqingUniversity,Chongqing400030）Abstract:【Objective】Inthisresearch,weanalyzedthesequencesofMorus-ITS,trnL-F,andrps16,forthevalueofphylogeny.【Method】Atotalof67mulberrygenotypeswereanalyzed(DNAextractio

6、n,PCRamplification,sequencing,softwaresplicing,alignment,removingnon-sequencebases,downloadingMorusITS,trnL-F,rps16sequencesfromGenBankandanalyzingpercentidentity,calculatinglengthandG+C(A+T)content,mutantsitesandinformativesites),thencombiningthesethreesequences.Acladogram,generat

7、edusingMP,wasbuiltbyusingB.papyriferaandC.tricuspidataasoutgroup.【Result】MulberryITS(including5.8S)thelengthofbasicsequenceis576bp,variationrangeof576-590bp,G+C59.55%-62.25%,40informativesites;MulberrytrnL-Fintergenicsequence(includingthetRNA-Leuintron)，thelengthofbasicsequenceis92

8、3bp,variationrangeof920-92