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《桑属its、trnl-f、rps16序列与进化分析》由会员上传分享,免费在线阅读,更多相关内容在行业资料-天天文库。
1、中国农业科学ScientiaAgriculturaSinica桑属ITS、trnL-F、rps16序列与进化分析陈仁芳1,张泽1,2,唐洲2,余茂德1,徐立1,王茜玲1(1西南大学生物技术学院/农业部蚕桑学重点开放实验室,重庆北碚400715;2重庆大学农学及生命科学研究院,重庆400030)摘要:【目的】分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值。【方法】67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C
2、(或A+T)含量、变异位点、信息位点,将3个序列合并,以构树、柘树为外类群,采用MP法分析进化关系。【结果】桑ITS(包括5.8S)基本序列长度为576bp,变异范围为576—590bp,G+C含量为59.55%—62.25%,40个信息位点;trnL-F(包括tRNA-Leu内含子)基本序列长度为923bp,变异范围为920—924bp,A+T含量为65.87%—66.31%,23个信息位点;rps16内含子基本序列长度为929bp,变异范围为923—929bp,A+T含量为67.28%—67.49%,17个信息位点。3个序列的最适碱基进
3、化模型分别为(GTR+G)、(GTR)、(GTR+G),可能的分支概率—混合卡方概率值分别为0.000001、0.027175和0.000222,3个片段合并最适碱基进化模型为(GTR+G),基于模型用MP法分析,在2538个位点中,有80个信息位点。分支图结果表明,首先将黑桑(M.nigra)分出,其它桑种分成2支,第一支包括长穗桑、瑞穗桑、蒙桑、鬼桑、鸡桑、山桑、白桑和广东桑,第二支包括华桑、奶桑和川桑。【结论】桑属trnL-F和rps16序列信息位点有限,单独研究桑属系统学,价值不大,与ITS序列合并研究,则能增加分支图的信息位点,使
4、分支图更近于似然。基于ITS、trnL-F、rps16序列MP分支图,新疆黑桑为最原始类型,乌克兰等栽培种为进化类型。关键词:桑属;ITS、trnL-F、rps16序列;MP分析法;进化关系MorusITS,trnL-F,rps16SequenceandPhylogeneticAnalysisofMulberryResourcesCHENRen-fang1,ZHANGZe1.2,TANGZhou2,YUMao-de1,XULi1,WANGXiling1(1CollegeofBiotechnology,SouthwestUniversity/
5、KeySericulturalLaboratoryofMinistryofAgriculture,Beibei400716,Chongqing;2TheInstituteofAgriculturalandLifeSciencesChongqingUniversity,Chongqing400030)Abstract:【Objective】Inthisresearch,weanalyzedthesequencesofMorus-ITS,trnL-F,andrps16,forthevalueofphylogeny.【Method】Atotalo
6、f67mulberrygenotypeswereanalyzed(DNAextraction,PCRamplification,sequencing,softwaresplicing,alignment,removingnon-sequencebases,downloadingMorusITS,trnL-F,rps16sequencesfromGenBankandanalyzingpercentidentity,calculatinglengthandG+C(A+T)content,mutantsitesandinformativesite
7、s),thencombiningthesethreesequences.Acladogram,generatedusingMP,wasbuiltbyusingB.papyriferaandC.tricuspidataasoutgroup.【Result】MulberryITS(including5.8S)thelengthofbasicsequenceis576bp,variationrangeof576-590bp,G+C59.55%-62.25%,40informativesites;MulberrytrnL-Fintergenicse
8、quence(includingthetRNA-Leuintron),thelengthofbasicsequenceis923bp,variationrangeof920-92