家蚕ltr逆转录转座子的鉴定_分类及系统发育分析

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1、家蚕逆转录转座子的鉴定、分类及系统发育分析LTR许红恩1，韩民锦1，张化浩1，沈以红1，向仲怀1，张泽1，2，*(1．西南大学生物技术学院，农业部蚕桑功能基因组与生物技术重点开放实验室，重庆400716;2．重庆大学农学及生命科学研究院，重庆400044)摘要:转座子是真核生物基因组的重要组成成分。为了研究家蚕Bombyxmori长末端重复序列(longterminalrepeat，LTR)逆转录转座子的分类及进化，本研究采用denovo预测和同源性搜索相结合的方法，在家蚕基因组中共鉴定出了38个LTR逆转录转座子家族，序列长度占整个基因组的0．64%，远小于先前预测的11．8%，其

2、中有6个家族为本研究的新发现。38个家族中，26个家族有表达序列标签(expressionsequencetag，EST)证据，表明这些家族具有潜在的活性。对有EST证据的6个家族和没有EST证据的5个家族用RT-PCR进行了组织表达谱实验，结果表明这11个家族在一些组织中有表达，这进一步证实了这些家族具有转录活性，基于此我们推测家蚕中大部分的LTR逆转录转座子家族很可能具有潜在活性。对转座子的插入时间进行估计，结果表明绝大部分元件都是最近1百万年内插入到家蚕基因组中的。我们还比较了黑腹果蝇Drosophilamelanogaster、冈比亚按蚊Anophelesgambiae和家蚕

3、B．mori中Ty3/Gypsy超家族分支的差异，结果表明不同枝在不同昆虫中有着不同的扩张。家蚕中LTR逆转录转座子的鉴定和系统分析有助于我们理解逆转录转座子在昆虫进化中的作用。关键词:家蚕;基因组;转座元件;LTR逆转录转座子;系统发育分析;组织表达谱中图分类号:文献标识码:文章编号:0454-6296(2011)11-1211-12Q966ACharacterization，classificationandphylogeneticanalysisoflongterminalrepeatretrotransposonsinthesilkworm，BombyxmoriXUHong-

4、En1，HANMin-Jin1，ZHANGHua-Hao1，SHENYi-Hong1，XIANGZhong-Huai1，ZHANGZe1，2，*(1．TheKeyLaboratoryforSericultureFunctionalGenomicsandBiotechnologyofAgriculturalMinistry，CollegeofBiotechnology，SouthwestUniversity，Chongqing400716，China;2．InstituteofAgriculturalandLifeSciences，ChongqingUniversity，Chongqi

5、ng400044，China)Abstract:Ineukaryotes，transposableelements(TEs)constitutealargefractionofagenome．TEsareusuallyclassifiedintotwoclassesbasedontheirtranspositionmechanisms．ClassⅠelementsuseanRNA-mediatedmodeoftransposition，whileclassⅡelements(transposons)useaDNA-mediatedmodeof“cutClassⅠelementsare

6、furtherdividedintotwosubclasses:andpaste”transposition．theelementsthatarecharacterizedbylongterminalrepeats(LTRretrotransposons)andtheelementsthatlackterminalrepeats(non-LTRretrotransposons)．InordertorevealtheclassificationandevolutionofLTRretrotransposons，weidentifiedLTRretrotransposonsinthedo

7、mesticatedsilkworm(Bombyxmori)usingdenovoandhomologysearchapproachesandfound38familiesinthesilkwormgenome，ofwhich6familiesarenovel．Thesequencesofthesefamiliesconstitute0．64%ofthewholegenome，whichismuchlessthanthatpreviouslyreporte