第四章 dnaman使用方法

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1、第四章DNAMAN使用方法1．将待分析序列装入Channel2．以不同形式显示序列3．DNA序列的限制性酶切位点分析4．DNA序列比对分析5．序列同源性分析6.PCR引物设计7．质粒模式图绘制DNAMAN使用方法DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为普遍使用的DNA序列分析工具。以DNAMAN5.2.9Demoversion为例，简单介绍其使用方法。打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有九个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，

2、DNAMAN提供20个Channel，点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel中。以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。1．将待分析序列装入Channel（１）通过File/Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channe

3、l。（２）通过Sequence/LoadSequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。通过Sequence/CurrentSequence/AnalysisDefination命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA或蛋白质），名称，和要分析的片段等参数。2．以不同形式显示序列通过Sequence//DisplaySequence命令打开对话框，如图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下：Sequence&Composition：显示序列和成分ReverseComplementS

4、equence：显示待分析序列的反向互补序列ReverseSequence：显示待分析序列的反向序列ComplementSequence：显示待分析序列的互补序列DoubleStrandedSequence：显示待分析序列的双链序列RNASequence：显示待分析序列的对应RNA序列3．DNA序列的限制性酶切位点分析将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis命令打开对话框，如下所示：按扭，出现下列对话框：参数说明如下：Results分析结果显示其中包括：Showsummary：显示概要，S

5、howsitesonsequence：在结果中显示酶切位点Drawrestrictionmap：显示限制性酶切图，Drawrestrictionpattern：显示限制性酶切模式图Ignoreenzymeswithmorethan：忽略大于某设定值的酶切位点Ignoreenzymeswithlessthan：忽略小于某设定值的酶切位点TargetDNA：目标DNA特性Circular：环型DNA，dam/dcmmethylation：dam/dcm甲基化allDNAinSequenceChannel（选择此项，在SequenceChannel中的所有序列将被

6、分析，如果选择了Drawrestrictionpattern，那么当所有的channel中共有两条DNA时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA时，则只能用一个酶分析。选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对话框：Enzyme：代表enzymedatafile，点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz和dnamane.enz，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。其中restrict.enz数据文件包含180种限制酶，dnamane.enz数据文件包含2524种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边

7、的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18multiplecloningsites），然后点击按钮出现下列对话框：按钮出现下列对话框：输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。Cutter酶切识别序列长度；End酶切产生的末端，其中包括，Blunt（平头末端），5’Overhang（5’突出粘性末端）,3’Overhang(3’突出粘性末端)，系统根据cutter和end的设定情况,在左边酶列表中显示符

8、合条件的酶。最后，点击按钮执行操作。4．DNA序列比