序列分析软件DNAMan

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1、序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。本文以DNAMAN5.2.9Demoversion为例，简单介绍其使用方法。打开DNAMAN，可以看到如下界面：：第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，如下所示第二栏为工具栏：如下所示：17第三栏为浏览器栏：如下所示：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，如左所示：点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel可以装

2、入一个序列。将要分析的序列（DNA序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel中。本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。1．将待分析序列装入Channel（1）通过File

3、Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。（初始为channel1）可以通过激活不同的channel(例如：channel5)来改变序列装入的Channel。（2）通过Seq

4、uence

5、LoadSequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。可以通过Sequence

6、CurrentSequence

7、AnalysisDefination命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA17或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。2．以不同形式显示序列通过Sequence

8、DisplaySequence命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下：Sequence&Composition              显示序列和成分ReverseComplement

9、Sequence   显示待分析序列的反向互补序列ReverseSequence                         显示待分析序列的反向序列ComplementSequence               显示待分析序列的互补序列DoubleStrandedSequence           显示待分析序列的双链序列RNASequence                            显示待分析序列的对应RNA序列17参数说明如下：Results分析结果显示其中包括：Showsummary（显示概要）Showsitesonsequence（在结

10、果中显示酶切位点）Drawrestrictionmap（显示限制性酶切图）Drawrestrictionpattern（显示限制性酶切模式图）Ignoreenzymeswithmorethan（忽略大于某设定值的酶切位点）Ignoreenzymeswithlessthan（忽略小于某设定值的酶切位点）TargetDNA（目标DNA特性）circular（环型DNA），dam/dcmmethylation（dam/dcm甲基化）allDNAinSequenceChannel（选择此项，在SequenceChannel中的所有序列将被分析，如果选择了Drawrestric

11、tionpattern，那么当所有的channel中共有两条DNA时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA时，则只能用一个酶分析。选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对话框：参数说明如下：Enzyme代表（enzymedatafile），点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz17和dnamane.enz，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。其中restrict.enz数据文件包含180种限制酶，dnamane.enz数据文件包含2524种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母

12、表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18multiplecloningsites），然后点击按钮出现下列对话框：输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。Cutter酶切识别序列长度End酶切产生的末端其中包括，Blunt（平头末端），5’Overhang（5’突出粘性末端）,3’Overhang(3’突出粘性末端)系统根据cutter和end的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后，点击按钮执行操作。4．DNA