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时间:2021-04-25
《第十章DNAman使用方法.ppt》由会员上传分享,免费在线阅读,更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、DNAMAN使用方法1.待分析序列装入Channel;2.以不同形式显示序列;3.DNA序列的限制性酶切位点分析;4.DNA序列比对分析;5.序列同源性分析;6.PCR引物设计;7.质粒模式图绘制.DNAMAN使用方法DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大,使用方便,已成为普遍使用的DNA序列分析工具。以DNAMAN5.2.9Demoversion为例,简单介绍其使用方法。打开DNAMAN,可以看到如下界面:第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外,有九个常用主菜单.第二栏为工具栏:第三栏为浏览器栏:在浏览器栏下方的工
2、作区左侧,可见Channel工具条,DNAMAN提供20个Channel,点击Channel工具条上相应的数字,即可击活相应的Channel。每个Channel可以装入一个序列。将要分析的序列(DNA序列或氨基酸序列)放入Channel中可以节约存取序列时间。DNAMAN分析序列。1.将待分析序列装入Channel(1)通过File/Open命令打开待分析序列文件,序列被自动装入默认Channel。(2)通过Sequence/CurrentSequence/AnalysisDefination命令打开一个对话框,通过此对话框可以
3、设定序列的性质(DNA或蛋白质),名称,和要分析的片段等参数。2.以不同形式显示序列通过Sequence//DisplaySequence命令打开对话框,如图所示:对话框选项说明如下:Sequence&Composition:显示序列和组成成分ReverseComplementSequence:显示序列的反向互补序列ReverseSequence:显示序列的反向序列ComplementSequence:显示序列的互补序列DoubleStrandedSequence:显示序列的双链序列RNASequence:显示序列的对应RNA序
4、列3.DNA序列的限制性酶切位点分析将待分析的序列装入Channel,点击要分析的Channel,然后通过Restriction/Analysis命令打开对话框,如下所示:参数说明如下:Results分析结果显示:Showsummary:显示概要,Showsitesonsequence:在结果中显示酶切位点Drawrestrictionmap:显示限制性酶切图,Drawrestrictionpattern:显示限制性酶切模式图Ignoreenzymeswithmorethan:忽略大于某设定值的酶切位点Ignoreenzymes
5、withlessthan:忽略小于某设定值的酶切位点TargetDNA:目标DNA特性Circular:环型DNA,dam/dcmmethylation:dam/dcm甲基化allDNAinSequenceChannel(选择此项,在SequenceChannel中的所有序列将被分析)选择所需的项目,然后按提示操作点击按扭,出现下列对话框:Enzyme:代表enzymedatafile,两个默认选项:restrict.enz和dnamane.enz,其中restrict.enz数据文件包含180种限制酶,dnamane.enz数
6、据文件包含2524种限制酶。选择其中一个数据文件,相应的酶在左边的显示框中列出(按酶名称字母表顺序),鼠标双击酶名称,则对应的酶被选中,在右边空白框中列出。要自制酶切列表,可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶(例如puc18multiplecloningsites),然后点击按钮出现下列对话框:按钮出现下列对话框:输入要保存酶列表的文件名,点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。Cutter酶切识别序列长度;End酶切产生的末端,其中包括Blunt(平头末端),5’Overhang(5’突出粘性末端),3’Ove
7、rhang(3’突出粘性末端),系统根据cutter和end的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后,点击按钮执行操作。4.DNA序列比对分析(DotMatrixComparision)要比较两个序列,可以使用DNAMAN提供的序列比对工具DotMatrixComparision(点矩阵比较)通过Sequense/Dotmatrixcomparision命令打开比对界面,如下图:点击对比界面左上角的按钮,出现下列对话框:4.DNA序列比对分析(DotMatrixComparision)参数说明如下:Sequencetyp
8、e序列类型Sequence1:参加比对的第一序列选择框,如果要比对的序列在Channel中,点击下拉箭头,选择相应的Channel,则被选中的Channel中的序列作为参加比对的第一序列;也可以从文件夹中选择参加比对的序列。通过Length选择参加比对的序列片段
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