DNAMAN使用图解

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1、第五章DNAMAN的使用方法DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。本文以DNAMAN5.2.9Demoversion为例，简单介绍其使用方法。打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，如下所示：第二栏为工具栏：如下所示：第三栏为浏览器栏：如下所示：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，如左所示：点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA

2、序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel中。本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。1．将待分析序列装入Channel（１）通过File

3、Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。（初始为channel1）可以通过激活不同的channel(例如：channel5)来改变序列默认装入的Channel。（２）通过Sequence

4、LoadSequence菜单的子菜单

5、打开文件或将选定的部分序列装入Channel。如果只想分析序列的一部分，或者给待分析的序列添加批注，点击激活该序列所在的Channel，通过Sequence

6、CurrentSequence

7、AnalysisDefination命令打开一个对话框，如下所示：对话框选项说明如下：Name序列名称CircularDNA环形DNAStartpos待分析序列起点Endpos待分析序列终点根据需要，可以设定上述选项的内容，如果要分析整个序列，可以点击按钮，如果当前序列不是DNA，则可点击按钮，如果要添加或修改批注，可以使用（添加），（移除），和（清除全部）三个按钮进行操作。如果要检查序列的正确性，

8、可以点击按钮，则弹出如下对话框：设定阅读速度后，点击按钮，软件将按顺序语音读出序列，方便检查。2．以不同形式显示序列通过Sequence

9、DisplaySequence命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下：Sequence&Composition显示序列和成分ReverseComplementSequence显示待分析序列的反向互补序列ReverseSequence显示待分析序列的反向序列ComplementSequence显示待分析序列的互补序列DoubleStrandedSequence显示待分析序列的双链序列RNASequ

10、ence显示待分析序列的对应RNA序列Annotations批注Include显示内容中包含批注Lowercase显示内容中包含批注（小写字母形式）Only显示内容中仅包含批注Exclude显示内容中不包含批注3．DNA序列的限制性酶切位点分析将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction

11、Analysis命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：Results分析结果显示其中包括：Showsummary（显示概要）Showsitesonsequence（在结果中显示酶切位点）Drawrestrictionmap（显示限制性酶切图）Drawr

12、estrictionpattern（显示限制性酶切模式图）Ignoreenzymeswithmorethan（忽略切点多于设定的切点个数的酶）Ignoreenzymeswithlessthan（忽略切点少于设定的切点个数的酶）TargetDNA（目标DNA特性）circular（环型DNA），dam/dcmmethylation（dam/dcm甲基化）allDNAinSequenceChannel（选择此项，在SequenceChannel中的所有序列将被分析，如果选择了Drawrestrictionpattern，那么当所有的channel中共有两条DNA时，则只能选择两个酶分析，如

13、果共有三个以上DNA时，则只能用一个酶分析。选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列酶选择对话框：参数说明如下：Enzyme代表（enzymedatafile），点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz和dnamane.enz，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。其中restrict.enz数据文件包含180种限制酶，dnamane.enz数据文件包含2524种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶