DNAMAN中文使用说明

《DNAMAN中文使用说明》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。

1、DNAMAN中文使用说明好不容易找到了一个中文说明，希望可以帮助初学使用DNAMAN的朋友，更快的进入状态，当然现在网上也有汉化版的软件了，但是这个说明还是可以起到很好的帮助作用，与大家分享！DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。本文以DNAMAN5.2.9Demoversion为例，简单介绍其使用方法。打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Cha

2、nnel工具条，DNAMAN提供20个Channel，(如左所示：)点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel中。本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。1．将待分析序列装入Channel（１）通过FileOpen

3、命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。（初始为channel1）可以通过激活不同的channel(例如：channel5)来改变序列装入的Channel。（２）通过Sequence/LoadSequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。通过Sequence/CurrentSequence/AnalysisDefination命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display

4、Sequence命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下：Sequence&Composition显示序列和成分ReverseComplementSequence显示待分析序列的反向互补序列ReverseSequence显示待分析序列的反向序列ComplementSequence显示待分析序列的互补序列DoubleStrandedSequence显示待分析序列的双链序列RNASequence显示待分析序列的对应RNA序列3．DNA序列的限制性酶切位点分析将待分析的序列装入Cha

5、nnel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：Results分析结果显示其中包括：Showsummary（显示概要）Showsitesonsequence（在结果中显示酶切位点）Drawrestrictionmap（显示限制性酶切图）Drawrestrictionpattern（显示限制性酶切模式图）Ignoreenzymeswithmorethan（忽略大于某设定值的酶切位点）Ignoreenzymeswithlessthan（忽略小于某设定值的酶切

6、位点）TargetDNA（目标DNA特性）circular（环型DNA），dam/dcmmethylation（dam/dcm甲基化）allDNAinSequenceChannel（选择此项，在SequenceChannel中的所有序列将被分析，如果选择了Drawrestrictionpattern，那么当所有的channel中共有两条DNA时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA时，则只能用一个酶分析。选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对话框：参数说明如下：Enzyme代表（enzymedatafile），

7、点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz和dnamane.enz，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。其中restrict.enz数据文件包含180种限制酶，dnamane.enz数据文件包含2524种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18multiplecloningsites），然后点击按钮出现下列对话框：输入要保存酶列表的文

8、件名，点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。Cutter酶切识别序列长度；End酶切产生的末端，其中包括，Blunt（平头末端），5’Overhang（5’突出粘性末端）,3’Overhang(3’突出粘性末端)，系统根据cutt