系统发育树的构建及后期编辑

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1、系统发育树的构建及其后期编辑又到了研究生写毕业论文的时候了，这几天两个师妹相继让我教他们构建系统发育树。索性就做一个图文的帖子，方便大家。纯技术贴，不涉及建树序列的选择、系统发育树如何看等理论性问题。要问的话，送一句话，自己多找几篇文章看看人家怎么分析系统发育树的。1)FASTA格式序列文本FASTA是最为常用的序列格式，几乎所有序列分析软件都能识别这种格式的序列。构树之前先将所选的序列都粘贴在一个txt文本文件中，然后每条序列以>开头，后面可以接序列描述性语言，比如属名，种名等。然后换行粘贴序列，序列的最后用空格结束，这就是一个FASTA格式的序列了。需要注意

2、的一点是每条序列的名字的前10个字符不要完全相同。为了方便起见，最好将此文件放在桌面上。编辑后的序列见下图：2)ClustalX进行多序列比对下载此软件，解压之后直接用。解压图如下：点击第一行最后一个图标，然后点击file，loadsequence，选择正确路径。加载进来的序列如下图：点击比对，进行完全比对。这时会弹出一个对话框，如下：这时将路径改为桌面，点击对齐进行全序列比对，序列较多的话可能需要点时间。比对后的结果如下图(注意区别)：然后注意桌面上多了两个文件，一个是dnd格式的，一个是aln格式的。Aln格式的文件将用来进行后续工作。关掉clustalX窗

3、口即可。3)aln格式转化为MEG格式打开MEGA4.0，点击file，converttoMEGAformat，出现如下对话框：选择路径，将aln格式文档加载进来，点击OK，出现下图：点击保存，会发现在桌面上又多了一个文档，看其属性会发现是MEG格式的，OK。4)MEG文档的激活关掉这些窗口，回到MEGA刚打开时的样子，将刚生成的那个MEG文档用拖拽的方式拖进MEGA4.0，这时会出现如下对话框：废话一句：核酸序列比对选核酸序列，氨基酸序列比对选氨基酸序列。点击OK，出现如下：关掉这个界面，此时该MEG文档已被激活，处于待用状态，如下(可以和MEGA初始界面做下

4、对比)：5)开始建树(NJtree)原理不讲了，此处以构建NJ树为例。点击工具栏上的phylogeny，constructphylogeny，neighborjoining(NJ).出现如下界面(注意几个绿颜色的小方块)：点击第一个小绿方块，选择，小绿方块会变成四个点的省略号，再点击出现如下页面：选择Bootstrap，后面的replication改为1000，点击对勾。然后点击第三个小绿方块，这个时候对于蛋白质序列以及DNA序列，两者模型的选择是不同的。对于蛋白质的序列，多选择PoissonCorrection(泊松修正)这一模型。而对于核酸序列，多选择Kim

5、ura2‐parameter(Kimura‐2参数)模型。所有设置完毕之后，点击compute，雏形的树就出来了：可以对此树做出一些修改，比如线条粗细，树的形状等等，此处自己多试试。6)树的修饰建好树之后，往往需要对树做一些美化。这个工作完全可以在word中完成，达到发表文章的要求。点击image，copytoclipboard。新建一个word文档，选择粘贴。见见下图：在图上点击右键，就可以对文字的字体大小，倾斜等做出修饰。见下图：这个时候可以通过Adobeprofessional对其进行图像导出：先将此word文档打印成PDF，见下图：将打印出来的PDF保存

6、在桌面上，打开，如下图：此时，点击工具，高级编辑工具，裁剪工具，如下图所示：选择需要的区域以删除周围的空白区，双击发育树，会出现下图：点击确定，出现下图(把空边切掉了)：点击文件，另存为，在保存类型一栏中选择TIFF格式，点击确定后会生成下面这个图片，这个图片绝对可以满足文章的发表：OK，gameover.