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1、实习报告3：系统发育树构建与分析——Phylip方法，MEGA方法，MrBayes方法学号20090****姓名******专业年级生命生技******实验时间2012.6.15时间2012.6.17实验目的：1.学会使用Phylip，MEGA和MrBayes构建进化树；2.学会分析建树结果，体会各种方法差异实验内容：1.利用系统发育分析软件PHYLIP、MEGA、MrBayes分别对同源核酸序列和同源蛋白质序列构建系统发育树，分析比较建树结果。2.完成作业。作业：1.利用实习1搜索到的五个以上物种的直系同源核酸和蛋白质序列（给出fasta格式第一行信息）,用Phylip软件
2、，分别选择最大简约法，最大似然法和距离法（NJ,UPGMA,FM）构建进化树，要求bootstrap产生500个伪样本，分析核酸和蛋白质序列采用不同建树方法得到的进化树是否存在差异，试分析原因。答：直系同源核酸序列（calciumbindingprotein）：>Homo_sapiensgi
3、315221156
4、ref
5、NM_002964.4
6、HomosapiensS100calciumbindingproteinA8(S100A8),mRNA>Pan_troglodytesgi
7、114559691
8、ref
9、XM_001137986.1
10、PREDICTED:Pantroglo
11、dytesS100calciumbindingproteinA8,transcriptvariant3(S100A8),mRNA>Macaca_mulattagi
12、388453998
13、ref
14、NM_001266907.1
15、MacacamulattaS100calciumbindingproteinA8(S100A8),mRNA>Canis_lupus_familiarisgi
16、225784824
17、ref
18、NM_001146144.1
19、CanislupusfamiliarisS100calciumbindingproteinA8(S100A8),mRNA>Mus_musculu
20、sgi
21、113930764
22、ref
23、NM_013650.2
24、MusmusculusS100calciumbindingproteinA8(calgranulinA)(S100a8),mRNA>attus_norvegicusgi
25、281485599
26、ref
27、NM_053822.2
28、RattusnorvegicusS100calciumbindingproteinA8(S100a8),mRNA直系同源蛋白质序列（calciumbindingprotein）：>Homo_sapiensgi
29、21614544
30、ref
31、NP_002955.2
32、proteinS100-A8[Homos
33、apiens]>Pan_troglodytesgi
34、114559692
35、ref
36、XP_001137986.1
37、PREDICTED:proteinS100-A8isoform3[Pantroglodytes]>Macaca_mulattagi
38、109016347
39、ref
40、XP_001110530.1
41、PREDICTED:proteinS100-A8isoform3[Macacamulatta]>Canis_lupus_familiarisgi
42、225784825
43、ref
44、NP_001139616.1
45、proteinS100-A8[Canislupusfamiliaris]>Bo
46、s_taurusgi
47、165973998
48、ref
49、NP_001107197.1
50、proteinS100-A8[Bostaurus]>Mus_musculusgi
51、7305453
52、ref
53、NP_038678.1
54、proteinS100-A8[Musmusculus]>Rattus_norvegicusgi
55、16758672
56、ref
57、NP_446274.1
58、S100calciumbindingproteinA8[Rattusnorvegicus]（1）最大简约法同源核酸序列建树结果如图所示：由系统发育树可以看出，Homosapiens，Pan troglodytes的具有较近的亲
59、缘关系，Pan troglodytes与Macaca mulatta的亲缘关系较远，Canis lupus familiaris和Bos taurus亲缘关系较近，Mus musculus和Rattus norvegicus的亲缘关系较近。且其中，Rattus norvegicus和Pan troglodytes的亲缘关系最远。（2）最大似然法同源核酸建序列建树结果如图所示：由系统发育树可以看出，最大似然法同源核酸建序列建树与最大简约法同源核酸序列建树的结果相似，Rattus norvegicus和Pa
