资源描述：
《系统发育树构建与分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。
1、实习报告3：系统发育树构建与分析——Phylip方法，MEGA方法，MrBayes方法学号20090****姓名******专业年级生命生技******实验时间2012.6.15时间2012.6.17实验目的：1.学会使用Phylip，MEGA和MrBayes构建进化树；2.学会分析建树结果，体会各种方法差异实验内容：1.利用系统发育分析软件PHYLIP、MEGA、MrBayes分别对同源核酸序列和同源蛋白质序列构建系统发育树，分析比较建树结果。2.完成作业。作业：1.利用实习1搜索到的五个以上物种的直系
2、同源核酸和蛋白质序列（给出fasta格式第一行信息）,用Phylip软件，分别选择最大简约法，最大似然法和距离法（NJ,UPGMA,FM）构建进化树，要求bootstrap产生500个伪样本，分析核酸和蛋白质序列采用不同建树方法得到的进化树是否存在差异，试分析原因。答：直系同源核酸序列（calciumbindingprotein）：>Homo_sapiensgi
3、315221156
4、ref
5、NM_002964.4
6、HomosapiensS100calciumbindingproteinA8(S100A8)
7、,mRNA>Pan_troglodytesgi
8、114559691
9、ref
10、XM_001137986.1
11、PREDICTED:PantroglodytesS100calciumbindingproteinA8,transcriptvariant3(S100A8),mRNA>Macaca_mulattagi
12、388453998
13、ref
14、NM_001266907.1
15、MacacamulattaS100calciumbindingproteinA8(S100A8),mRNA>Canis_lupus_famili
16、arisgi
17、225784824
18、ref
19、NM_001146144.1
20、CanislupusfamiliarisS100calciumbindingproteinA8(S100A8),mRNA>Mus_musculusgi
21、113930764
22、ref
23、NM_013650.2
24、MusmusculusS100calciumbindingproteinA8(calgranulinA)(S100a8),mRNA>attus_norvegicusgi
25、281485599
26、ref
27、NM_053822.2
28、Rattus
29、norvegicusS100calciumbindingproteinA8(S100a8),mRNA直系同源蛋白质序列（calciumbindingprotein）：>Homo_sapiensgi
30、21614544
31、ref
32、NP_002955.2
33、proteinS100-A8[Homosapiens]>Pan_troglodytesgi
34、114559692
35、ref
36、XP_001137986.1
37、PREDICTED:proteinS100-A8isoform3[Pantroglodytes]>Macaca_
38、mulattagi
39、109016347
40、ref
41、XP_001110530.1
42、PREDICTED:proteinS100-A8isoform3[Macacamulatta]>Canis_lupus_familiarisgi
43、225784825
44、ref
45、NP_001139616.1
46、proteinS100-A8[Canislupusfamiliaris]>Bos_taurusgi
47、165973998
48、ref
49、NP_001107197.1
50、proteinS100-A8[Bostaurus]>Mus_muscu
51、lusgi
52、7305453
53、ref
54、NP_038678.1
55、proteinS100-A8[Musmusculus]>Rattus_norvegicusgi
56、16758672
57、ref
58、NP_446274.1
59、S100calciumbindingproteinA8[Rattusnorvegicus]（1）最大简约法同源核酸序列建树结果如图所示：由系统发育树可以看出，Homosapiens，Pan troglodytes的具有较近的亲缘关系，Pan troglodytes与Macaca mulatta的亲缘关系
60、较远，Canis lupus familiaris和Bos taurus亲缘关系较近，Mus musculus和Rattus norvegicus的亲缘关系较近。且其中，Rattus norvegicus和Pan troglodytes的亲缘关系最远。（2）最大似然法同源核酸建序列建树结果如图所示：由系统发育树可以看出，最大似然法同源核酸建序列建树与最大简约法同源核酸序列建树的结果相似，Rattus norvegicus和Pa
