系统发育树构建课件.ppt

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1、分子进化分析——系统发生树的构建主要内容分子进化分析介绍系统发育树建立方法系统发育树构建实例分子进化分析介绍系统发生（phylogeny）——是指生物形成或进化的历史系统发生学(phylogenetics)——研究物种之间的进化关系系统发育树（phylogenetictree）——描述物种之间进化关系系统发育树（phylogenetictree）——又称evolutionarytree进化树)就是描述这一群有机体发生或进化顺序的拓扑结构。它可以用来研究不同物种间的进化关系，这一直是生物学的研究热点

2、。拓扑（Topology）将讨论范围内的事物之间的相互关系表示出来，将这些事物之间的关系通过图表示出来。分子进化研究的目的从物种的一些分子特性出发，从而了解物种之间的生物系统发生的关系。通过序列同源性的比较进而了解基因的进化以及生物系统发生的内在规律系统发生树结构树的每一条线叫做一个分支(branches)在分支的末端的部分称之为分类(taxa)或运筹分类单位（operationaltaxonomicunits）两个临近的分支的连接处称为节点（node）,表示推断祖先的现存类群在树最底部的分支点成为

3、根节（rootnode）,一个单一的共同的祖先被定义为进化支（clade）或者单源群（monophyleticgroup）树的分支模式被成为拓扑结构（treetopology）系统发育树建立方法NCBI——BLAST——输入序列对比——记录好以下几方面：名称：UnculturedbacteriumcloneYU201H10序列号：FJ694683/FJ694514文献：TITLECircumpolarsynchronyinbigriverbacterioplankton序列长度：353相似比：99%

4、核酸序列分类地位CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。ClustalX为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提打开软件clustalx具体步骤根据需要，选定要比对的菌株及相应的序列。将序列COPY至记事本1）FileLoadsequences找序列2）AlignmentD

5、ocompletealignmentAlign自动生成文件于桌面（序列所在文件夹）..aln是所需文件谢谢！！