陆地棉种子发育过程中microrna的挖掘与功能研究

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1、棉花学报CottonScience2014袁26渊1冤院81~86陆地棉种子发育过程中microRNA的挖掘与功能研究*WangGaskin袁余道乾袁杜雄明渊中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室袁河南安阳45500冤摘要院microRNAs(miRNAs)广泛参与调控植物的生长和发育袁但这类分子是否对棉花胚珠和纤维的生长发育起到重要的作用,还有待验证遥对这些小分子的认识袁一般先要从序列信息的获得上开始遥应用基因芯片对TM-1+5DPA渊开花后5d冤胚珠总RNA进行了miRNA的筛选研究遥结果显示袁含有352个探针的芯片成功钓取到199个陆地棉miRNA袁其中绝

2、大多数为首次报道遥此外袁对miR399研究发现袁它与纤维中磷的含量变化相关曰miR169可能与干旱应激反应有关遥关键词院陆地棉曰基因芯片曰miRNA曰茎环RT-PCR中图分类号院S562.035.3颐Q812文献标志码院A文章编号院1002-7807渊2014冤01-0081-06*WangGaskin,YuDaoqian,DuXiongming(455000)MicroRNAs(miRNAs)areinvolvedintheregulationofplantgrowthanddevelopment,butwhethersuchmoleculesparticipateinc

3、ottonovuleorfibergrowthordevelopmentisyettobeverified.Generally,understandingofthesesmallmoleculesbeginsbyobtainingsequenceinformation.ToclonemiRNAsincotton,anoligonucleotidemicroarraywasusedtoscreentotalRNAof+5dayspostanthesisTM-1ovules.Themicroarrayhad352knownplantmiRNAprobes.Ultimately,

4、199miRNAswereprobed.Inaddition,wefoundthatmiR399sisrelatedtothephosphoruscontentofthecottonfiber,andmiR169smightplayaroleunderdroughtstressincotton.uplandcotton;microarray;miRNA;stemloopRT-PCRMicroRNAs(miRNAs)是一类小RNA袁广泛复杂多变茎环结构的植物miRNA预测上遥Find-参与调控生物组织尧器官的生长和发育遥新miR-MiRNA是针对植物miRNA与目标mRNA几

5、乎[11]NA的挖掘主要依赖于三个途径院对遗传突变的精确互补这一特点而出现的算法袁提高了序列[1]研究尧直接克隆和生物信息学预测遥线虫发育时预测有效性遥以上预测方法需要整个基因组或者序的异常使人类认识了lin-4尧let-7曰miR164c功能数量丰富的非编码序列作为基础袁才能预测到更[2]缺失造成了拟南芥产生额外的花瓣遥但通过遗多miRNA信息袁这就限定了对象范围遥虽然也有传突变的研究来拓展对miRNA的认识袁非常有根据表达序列标签EST渊Expressedsequencetag冤[12-13]限遥直接克隆法和测序技术的结合迅速添加了为序列预测miRNA的报道袁但是袁该数

6、量渊在60[3-7][12]人类所认识的miRNA数量袁但在rRNA背景个植物种中新预测338条曰在小麦中新预测37[8][13]干扰及低丰度miRNA挖掘中存在弊端遥miR-条冤与基因组相对较小的拟南芥中最新统计的NA核心序列保守性产生了碱基序列预测的各种近200个miRNA渊miRBase,Release14,Sept生物信息学算法袁并在动物miRNA挖掘上初见2009冤还相差很多遥[9-10]成效袁但此法并不适用于拥有更长前体序列和生物芯片作为一种高通量尧准确尧快捷的实验收稿日期院2013-06-05作者简介院WangGaskin袁硕士.*通讯作者袁Duxm@cric

7、aas.com基金项目院国家野十一五冶科技支撑计划项目渊2006BAD13B04冤袁国家野973冶计划项目渊2004CB117301冤82棉花学报26卷[14-17]工具袁成功地检测miRNA的报道日渐增多遥来源的去冗余序列348条和Borsani等预测的4[19]本研究利用已知的9种植物miRNA作为探针对条遥最终获得352个成熟miRNA序列对应特陆地棉进行了初步筛选袁共得到199个miRNA袁异探针的芯片遥探针的设计尧芯片的制作以及检[20]可作为后续深入研究的重要参考遥测方法按照骆明勇等的方法遥对+5DPA