巨桉纤维素合酶ces家族的生物信息学分析

《巨桉纤维素合酶ces家族的生物信息学分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、广东林业科技2014年第30卷第2期15*巨桉纤维素合酶Ces家族的生物信息学分析徐双曾炳山范春节刘英李湘阳裘珍飞(中国林业科学研究院热带林业研究所，广东广州510520)摘要纤维素合酶(Cellulosesynthase，Ces)基因家族成员负责催化纤维素的合成。利用Phytozome网站对巨桉(Eucalyptusgrandis)全基因组序列进行检索，共发现31条蛋白质序列属于Ces家族，其中包括18个CesA亚族成员与13个CslD亚族成员。使用ClustalW、Protparam、TMHMM等生物学在线服务器，对巨桉31个Ces家族成员进行全面生物信息学分析预测，结

2、果显示:31条蛋白质序列均具有Cellulosesynthase特征性保守结构域，具有Ces家族成员特征;巨桉Ces家族与拟南芥Ces家族、杨树Ces家族在亚族种类、成员组成、蛋白理化性质方面存在变异性;蛋白结构域、二级结构、跨膜区预测、无序性、亚细胞定位分析结果存在保守性。关键词巨桉;纤维素合酶家族;生物信息学分析中图分类号:S718．46文献标识码:A文章编号:1006－4427(2014)02－0015－08BioinformaticsAnalysesoftheCesGeneFamilyinEucalyptusgrandisXUShuangZENGBingshanFA

3、NChunjieLIUYingLIXiangyangQIUZhenfei(ＲesearchInstituteofTropicalForestry，ChineseAcademyofForestry，Guangzhou，Guangdong510520，China)AbstractCellulosesynthase(hereinafterreferasCes)isresponsibleforcatalyzingcelluloseformation．ThisstudytookadvantageofthePhytozomewebsite，examinedthewholegenomes

4、equenceofEucalyptusgrandis，andfound31CesfamilymembersinE．grandis，including18CesAgenesand13CslDgenes．Bioinformaticanaly-sisusingClustalW，ProtparamandTMHMMrevealedcharacteristicsofCesfamilyproteinsandprovideusefulinfor-mationforfurtherfunctionalstudyofE．grandisCesgenes．Ｒesultsshowedthatthese

5、31proteinsequencesallpos-sesstheCellulosesynthasedomainandsharedcharacterswithCesfamilymembersinothertreespecies．However，CesfamilymembersinE．grandis，PoplartrichocarpaandArabidopsisthalianahaddifferencesinnumberofsub-family，formationofmembersandphysicalcharacters，whileconservationincharacte

6、risticdomain，secondarystruc-ture，transmembraneregion，unfoldabiligy，subcellularlocalizationandsoon．KeywordsEucalyptusgrandis;Cellulosesynthase;bioinformaticanalyses植物中，纤维素合酶(Cellulosesynthase，Ces)组成纤维素合酶复合体(Cellulosesynthasecomplex，CSC)，［1］［2］催化β-1，4糖苷键形成，合成纤维素，而植物细胞壁中纤维素的含量又影响着木材的品质。1996年，

7、Delmer小组首先克隆出植物纤维素合酶基因，Williamson小组运用拟南芥(Arabidopsisathaliana)突变体rswl［3］对该基因进行了鉴定。目前，国内外关于植物纤维素合酶蛋白家族成员的报道涉及不同植物，包括拟南［4-5］［6］［7］芥、棉花(Gossypiumsp．)、毛白杨(Populustomentosa)等。*基金项目:国家“863”项目“桉树与鹅掌楸转基因育种技术研究”(2013AA100705)。第一作者:徐双(1988-)，女，在读硕士研究生，研究方向为生物化学与分子生物学，E-