利用高密度基因组芯片估计绵羊SNP之间的重组率和有效群体大小.pdf

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1、中国科技论文在线http://www.paper.edu.cn利用高密度基因组芯片估计绵羊SNP之间的重组率和有效群体大小#张媛媛1，邓学工2，柳万生3，邓学梅1**5（1.中国农业大学动物科技学院；2.东北大学理学院；3.CollegeofAnimalScience,PennStateUniversity）摘要：有效群体大小（Effectivepopulationsize,Ne）是群体遗传学中的重要理论参数，同时被广泛地利用于遗传漂变和遗传变异速率的估计，是动物育种与选择中所需考虑的重要参数，10并对于遗传选择和群体多样性保护提供参考。利用全基因组SNP标记估计群体的连锁不平衡程

2、度（Linkagedisequilibrium,LD），参考LD与Ne之间的理论关系式来估计不同世代下群体的Ne，是一种有效可行方法。SNP标记之间的遗传距离对于准确估计Ne同样重要，在实际使用中，SNP标记之间的遗传距离难以获得，一般以物理距离替代。本研究从ISGC数据库(http://www.sheephapmap.org/)中下载了7个绵羊群体的50KSNP数据，并估计常15染色体上500kb内SNP标记之间的LD水平r2。以滑动窗口的方式，在500kb窗口内拟合重组率和LD的关系式，据此估计染色体上SNP标记之间的遗传距离，使之应用于Ne估计。另外，以物理距离近似估计遗传距

3、离，应用于Ne估计。比较两种遗传距离得到的不同绵羊群体的Ne估计差异。结果表明，两组Ne结果都反映了这几个绵羊群体随世代增加而Ne减少。在AustrianIndustryMerino和AustralianPollMerino群体中，利用重新估计的标记之20间遗传距离得到的Ne反映的群体遗传历史，与群体历史更符合。关键词：绵羊；有效群体大小；重组率；连锁不平衡EstimationofRecombinationRatandEffectivePopulationSizewithOvineGenome-wideSNP-Chip25YuanyuanZhang1,XuegongDeng2,Wa

4、nshengLiu3,XuemeiDeng1(1.CollegeofAnimalScience,ChinaAgriculturalUniversity;2.CollegeofScience,North-eastUniversity;3.CollegeofAnimalScience,PennStateUniversity)Abstract:Effectivepopulationsize(Ne)isakeyparameterinpopulationgeneticsandiswidelyapplied30indeterminingratesofgeneticdriftandlossofg

5、eneticvariability.Itiscrucialtoconsiderinanimalbreedingandselection,aswellasinconservation.Linkagedisequilibrium(LD)methodperformsdramaticallybetterinNeestimationwhengenome-wideSNPsapplied.NeestimatedbytheLDmethodisalsorelatedtotherecombinationratewhichnotbeconsideredinmoststudies.Genome-wideS

6、NPdataof7sheepbreedsweredownloadedfromtheISGCdatabase(http://www.sheephapmap.org/).35Chromosome-specificrecombinationrateswereestimatedforallautosomesfromestimatedLDbetweenSNPpairs<500kbapartandtheknownmaplengthofchromosome.Theaveragerecombinationrateforeach500kbwindowwasestimatedfromtheaverag

7、eLDwithinthatwindowbyfittingthemodelofrelationshipbetweenrecombinationrateandr2.ThentheestimatedgeneticdistanceofeachpairofSNPcanbeusedinNeestimation.NeestimateswerealsoestimatedbyusingLDinphysicaldistance.Two40differentestimatesofNewer