野生稻O rufipogon W1943 cDNA克隆资源的优化 …

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1、野生稻O.rufipogonW19431888条全长cDNA序列的数据分析NCGR2008-09-03背景野生稻O.rufipogon（AAgenome）是与栽培稻关系最近的祖先水稻品种1,2。具有许多优于栽培稻的农艺性状，比如耐旱、耐盐等等3,4；公共数据库中有大量栽培稻的基因组序列信息5,6，同时也有大量的cDNA资源7,8；极少野生稻的序列和克隆资源，比较成规模的是Oryzaminuta(BBCCgenome)5,211条叶片ests9。现状与目的NCGR野生稻资源：克隆并精确测序了1,888个unique的O.ruf

2、ipogonW1943cDNA克隆。期望通过W1943cDNA序列与籼、粳稻cDNA序列的比较：汇总一些水稻新基因、潜在野生稻特有的基因、W1943特有剪切方式基因、组织特异性高表达的基因和与microRNA相关的基因；提供一些线索，供有兴趣者作进一步研究之用。1888W1943cDNAsBLASTagainstcultivatedricegenomicsequencesandcDNAs1888W1943cDNAsSSRcomparisonwithindicaandjaponicacDNAs一、未匹配粳稻基因组之基因定义：未

3、能定位到O.sativajaponicaNipponbaregenomesequences，但与籼稻93-11基因组序列有同源或与水稻ests序列有同源或与其它禾本科ests序列有同源。且去除与细菌有同源的基因解释：或者落于粳稻基因组测序gap中，或者籼稻特有的基因，或者野生稻特有基因。name93-11contigsESTsormRNAhitsproteinname93-11contigsESTsormRNAhitsproteinCT842002Contig005912AK241925-CU406895Contig0030

4、11CT859459-CT842007Contig008507CT856206-CU861744Contig000750AK099287ring-boxproteinCU405940Contig001402AK103326-CU405657-CT856885-CU406172Contig014596AK242967-CT841712-CA766528-CT842006Contig000383AK111647GTP-bindingproteinCU405768-CT83665660SribosomalproteinL7ACU8

5、61753Contig000750AK099287ring-boxproteinCU405675-CA75623560SribosomalproteinL17CU406308Contig000444AK070131-CU406202-NM_001063334-CT841996Contig002576CT834800-CU406924-AC145809-CU406568Contig003848AK064050BowmanBirktrypsininhibitorCU405898-CN130755.1(Sorghumbicolor

6、)ribulose-bisphosphatecarboxylaseCU406582Contig000444AK107776-CU406778-BE429292.1(Triticumturgidum)-CU406596Contig001277AK242711-CU861677-FF534517.1(Manihotesculenta)-CT842008Contig008507CT856206--CT841912-EH277383.1(Spartinaalterniflora)-二、水稻新基因定义：能定位到栽培稻基因组序列的同源，

7、但无任何已知水稻表达序列的同源。与riceMPSS搜索比较几乎没有找到匹配片段。解释：水稻新基因。或者在栽培稻中表达量过低难于克隆，或者野生稻特有。nameLen(bp)ChrlocationIdentity(%)nameLen(bp)ChrlocationIdentity(%)AntisenseproteinCU4069106561099CU4057857270599CA764081DNA-directedRNApolymerase3CU4061385680299CU8617954750979CT858901-CU4060

8、225431299CU4063558371297AK107125AP2domain,putativeCU40575747704100CU4063965200299AK103485-CU40692141402100CT8418009411199AK121962patatin,putative