实验六 动态规划算法比对序列.docx

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1、实验六动态规划算法比对序列#!/usr/bin/perl-wprint"先生，那个做业，我交了3次。以那次为准哈。以前的逻辑上或者者语法上或者多或者少有些成绩详细了局以下：";$seq1="YKRDKPHVNIGTIGHVDHGKTTLTAAITSVLAKERGITISTAHVEYQTDKRHYAHIDCPGHADYIKNDGPMPQTREHILLARQVNVPALVVFLNKVDILLELVEMELRELLTEYGFPGDDIPIIKGSALNIMELMD";$seq2="IGHVDHGKTTLTAAITSVLAKERGITISTAH

2、VIKNMITGAAQMDGAILVVAGTDGPMPQTREHILLARQVNVPALVVFLNKVDIALLELVEMELRELLTEYGFPGDDIPIIKGSALNALNEKAIMELMDAVDDYIP";@seq1=split(//,$seq1);@seq2=split(//,$seq2);#界说奖分划定规矩$match=1;$dismatch=0;$gap=-1;#挨分矩阵第一列以及第一止赋值#$score[0][0]={0};$len1=(@seq1);$len2=(@seq2);#横着赋值for$i(0..$len1){$sco

3、re[0][$i]=-$i;}#横着赋值for$j(0..$len2){$score[$j][0]=-$j;}#挖充患上分矩阵的其余地位for$i(1..$len1){$letter2=$seq2[$i-1];for$j(1..$len2){$letter1=$seq1[$j-1];if($letter1eq$letter2)#线路歪着走（要末婚配，要末容忍）{$diagonal=$score[$i-1][$j-1]+$match;}else$diagonal=$score[$i-1][$j-1]+$dismatch;}$up=$score[$

4、i-1][$j]+$gap;#线路横着走$left=$score[$i][$j-1]+$gap;#线路横着走#对比4种情形的最劣患上分if($diagonal>=$up){if($diagonal>=$left){$score[$i][$j]=$diagonal;$trace[$i][$j]=1;}else{$score[$i][$j]=$left;$trace[$i][$j]=2;}}else{if($up>=$left){$score[$i][$j]=$up;$trace[$i][$j]=3;}else{$score[$i][$j]=$le

5、ft;$trace[$i][$j]=2;}}}}print"最下患上分为$score[$i-1][$j-1]";#正在患上分矩阵中，寻到最劣途径的标志，从而寻到最劣途径$j=@seq1;$i=@seq2;$k=0;#@align1;while(1){if($i>0&&$j>0){if($trace[$i][$j]==1){$align1[$k]=$seq1[$j-1];$align2[$k]=$seq2[$i-1];$k++;$j--;$i--;next;}elsif($trace[$i][$j]==2){$align1[$k]=$seq1

6、[$j-1];$align2[$k]="-";$k++;$j--;next;}elsif($trace[$i][$j]==3){$align1[$k]="-";$align2[$k]=$seq2[$i-1];$k++;$i--;next;}}elsif($i==0&&$j!=0){$align2[$k]=$seq1[$j-1];$align1[$k]="-";$k++;$j--;}elsif($j==0&&$i!=0){$align1[$k]=$seq2[$i-1];$align2[$k]="-";$k++;$i--;}elsif($j==0&

7、&$i==0){last;}}@align1=reverse(@align1);@align2=reverse(@align2);print"比对于了局为：";print"序列1：@align1";print"序列2：@align2";借有一种圆法：#!/usr/bin/perlusestrict;my$x="YKRDKPHVNIGTIGHVDHGKTTLTAAITSVLAKERGITISTAHVEYQTDKRHYAHIDCPGHADYIKNDGPMPQTREHILLARQVNVPALVVFLNKVDILLELVEMELRELLTE

8、YGFPGDDIPIIKGSALNIMELMD";#将序列寄存正在sequence中my@bb=split(//,$x);#宰割数组，将元素保留正在b