序列比对讲课讲稿.ppt

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1、序列比对学习目标了解序列比对的基本概念和意义初步掌握几种常用的比对软件，并解决相关问题什么是序列比对序列比对（alignment）：为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列。序列比对的生物学依据生物信息学的基础：1.所有的生物都起源于同一个祖先；2.序列不是随机产生，而是在进化上，不断发生着演变；3.基本假设：序列保守性结构保守性（功能保守性）序列比对的生物学依据生物信息学的两大基本任务：1.找到两条序列的相同点和不同点；2.解释它们为什么相同，为什么不同；基本概念局部比对（localalignment）：只比对序列间高度相似的区域，忽略不相似部分。全局比对

2、（globalalignment）：将参与比对的两条序列里面的所有字符进行比对。相似性（identity）：指相同的序列跟比对序列的比值覆盖率（coverage）：比对区域占序列长度的比值空位（gap）：由于插入，缺失所造成的无法比对上的区域软件介绍BLASTBlast，全称BasicLocalAlignmentSearchTool，即“基于局部比对算法的搜索工具”，属于局部比对软件是目前应用最广的比对软件，是生物信息学最基础的工具本质上是双序列比对BLAST基本BLAST包括以下五种blastp：蛋白序列与蛋白库做比对，直接比对蛋白序列的同源性。blastn：核酸序列对核酸库的比对，直接

3、比较核酸序列的同源性。blastx：核酸序列对蛋白库的比对，先将核酸序列翻译成蛋白序列（根据相位可以翻译为6种可能的蛋白序列），然后再与蛋白库做比对。tblastn：蛋白序列对核酸库的比对，将库中的核酸翻译成蛋白序列，然后进行比对。tblastx：核酸序列对核酸库在蛋白级别的比对，将库和待查序列都翻译成蛋白序列，然后对蛋白序列进行比对。基因组BLAST基本blast基本BLAST有5种。粘贴序列结果显示结果显示结果显示竖线：一致性(identities)缺口(gap)：不同之处MEGAMega（MolecularEvolutionaryGeneticsAnalysis）是一个界面友好、操作

4、简便、功能强大的分子进化遗传分析软件，也是文献中经常用到的分析软件。里面附带了MUSCLE，Clustal可以进行全局比对功能非常强大，可以用来计算进化距离，构建系统发育树等MEGA此课件下载可自行编辑修改，仅供参考！感谢您的支持，我们努力做得更好！谢谢