LocalBlast序列比对教程.ppt

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1、BLAST序列比对BioEdit使用简要介绍BioEdit安装打开BioEdit7.0.9.0-setup.exe，next，直到选择安装目录BioEdit安装选择完安装目录，next到最后一步，完成安装。导入query序列打开BioEdit，导入Query_sequence.fasta文件。File→Open…注意文件类型选择AllFiles(*.*)创建比对数据库导入nirS_nucleotide.fasta核酸数据库和nirS_protein.fa蛋白数据库，分别创建本地的nirS的核算数据库和蛋白数据库。

2、AccessoryApplication→BLAST→Createalocalnucleotidedatabasefile/CreatealocalproteindatabasefileLocalBlastAccessoryApplication→BLAST→LocalBLASTProgram：blastn:核酸→核酸blastp:蛋白→蛋白tblastn:蛋白→翻译的核酸tlastx:翻译的核酸→蛋白tblastx:翻译的核酸→翻译的核酸导入待比对的序列,如Query_sequence.fasta选择本地核酸/

3、蛋白数据库定义一个输出文件，txt文件即可Blast的所有使用说明，命令行格式期望值,e-valueLocalBlastAccessoryApplication→BLAST→LocalBLAST。选择blastn在相应的输出文件目录下，找到blastn的相应结果，可以直接打开，查看比对结果LocalBlastBlastn比对结果评分最高，E值最低的结果排在第一LocalBlastAccessoryApplication→BLAST→LocalBLAST。选择blastx在相应的输出文件目录下，找到blastx的相

4、应结果，可以直接打开，查看比对结果LocalBlastBlastx比对结果