Clustalx多重序列比对现用图解教程(现用图解使用)

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1、实用标准文档Clustalx多重序列比对图解教程(ByRaindy)本帖首发于Raindy'blog,转载请保留作者信息，谢谢！欢迎有写生物学软件专长的战友，加入生信教程写作群：13559330，接头暗号：你所擅长的生物学软件名称软件简介:　　CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。ClustalX为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。　　序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对

2、和轮廓比对需要的所有选项。主要功能：　　你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序；　　你可以选择序列子集进行比对；　　你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；　　可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。当前版本:1.83PS:如果你是新手或喜欢中文界面,推荐使用本人汉化的Clustalx1.81版　　链接地址:http://www.hanzify.org/index.php?Go=Show:ist&ID=7435　(请完整复制)应用:Clustal

3、x比对结果是构建系统发育树的前提实例：植物呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白P8(AA序列)为例流程：载入序列―>编辑序列―>设置参数―>完全比对―>比对结果　　1.载入序列：运行ClustalX，主界面窗口如下所图（图1），依次在程序上方的菜单栏选择“File”－“LoadSequence”载入待比对的序列，如图2所示，如果当前已载入序列，此时会提示是否替换现有序列(Replaceexistingsequences)，根据具体情形选择操作。文案大全实用标准文档　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

4、图1文案大全实用标准文档　　　　　　　　　　　　　图2　　2.编辑序列：对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作，主要有Cutsequences(剪切序列)、Pastesequences(粘贴)、SelectAllsequences(选定所有序列)，ClearsequenceSelection(清除序列选定)、Searchforstring(搜索字串)、RemoveAllgaps(移除序列空位)、RemoveGap-OnlyColumns(仅移除选定序列的空位)文案大全实用标准文档　　　　　　

5、　　　　　　　图3　　3.参数设置：可以根据分析要求设置相对的比对参数。通常情况下，我们可以使用默认参数。比对参数主要有六个，分别是ResetNewGapsbeforeAlignment(比对前重置新的空位参数)，ResetAllGapsbeforeAlignment（比对前重置所有空位参数），PairwiseAlignmentParameters（两两序列比对参数），MultipleAlignmentParameters（多重序列比对参数），ProteinGapParameters（蛋白空位参

6、数），SecondarystructureParameters（二级结构参数），如图4所示：文案大全实用标准文档　　　　　　　　　　　　　图4　　修改参数只需点击相应标签，示例比对的是多序列比对，故可选择“MultipleAlignmentParameters”弹出参数设置窗口，如图5所示：文案大全实用标准文档　　　　　　　　　　　　　图5　　4.完全比对：返回菜单栏选择“CompleteAlignment”标签，此时会弹出输出文件路径的设置窗口，设置GuideTreeFile（向导树或指导树文

7、件）、AlignmentFile（比对文件）的保存位置（存放路径），点击“Align”按钮程序自动开始序列的完全比对，比对所需时间因序列文件大小和长度、计算机性能而异，如图6-8所示：文案大全实用标准文档　　　　　　　　　　　　　图6文案大全实用标准文档　　　　　　　　　　　　　图7文案大全实用标准文档　　　　　　　　　　　　　图8　　当主界面的左下状态栏会提示“CLUSTAL-AlignmentFilecreated[]”时说明比全完毕，这时文件保存位置的目录下会生成生成两个文件，分别是*.a

8、ln和*.dnd，aln是序列比对的文件，可以进一步用于构树系统发育树，dnd是向导树文件（指导树），这两个文件可以用Windows系统中的“记事本”或第三方程序“UltraEdit”等打开，如：文案大全实用标准文档　　　　　　　　　　　　　图9ALN文件文案大全实用标准文档　　　　　　　　　　　　　图10dnd文件　　5.后续分析：　　1)Clustalx比对生成的结果可读性不是太好，一般需要专业的序列着色软件处理，如Boxshade、ESPript，这两个工具都是在线进行，其中Boxshad