数据指标化和衍射数据合并.docx

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1、数据指标化和衍射数据合并Denzo软件包包括三个部分：denzo：xdispf和scalepack：Denzo：衍射花样的指标化和晶体监测器参数的矫正xdispf：衍射花样的显示scalepack：数据合并，晶体参数，主要是晶胞参数和mosaicity的进一步精华。即主要包括以下一些内容：Theanalysisandreductionofsinglecrystaldiffractiondataconsistsofsevenmajorsteps.Theseare:1.Visualizationandpreliminaryanalysisoftheoriginal,u

2、nprocessed,diffractionpattern.2.Indexingofthediffractionpattern.3.Refinementofthecrystalanddetectorparameters.4.Integrationofthediffractionmaxima.5.Findingtherelativescalefactorsbetweenmeasurements.6.Preciserefinementofcrystalparametersusingtheentiredataset.7.Mergingandstatisticalanal

3、ysisofthemeasurementsrelatedbyspacegroupsymmetry.主要过程如下：1用一张画面，进行自动指标化，推测晶体监测器参数，以及beam中心位置，距离等的修正；2通过调整晶体监测器参数使之收敛，尤其是mosaicity和box的参数要调整使卡方值接近13以调整好的参数处理整套画面，产生。X文件；检查套点的正确性，尤其是卡方值接近14按照推测的晶胞参数合并数据，调整期望错误参数和错误因子，使R和R2趋于合理；选取I/sigma大于2，Rmerge小于0.4的壳层为最外壳层。5根据最后修正的结果调节mosaicity和box的参数

4、重新指标化和合并最终获得可能的空间群和一套按这个空间群处理的数据和有效的分辨率，数据的冗余度，完整度和R因子晶面符号[2]（symbolofcrystalface）是表示晶面在晶体上方向的符号。常用的为米氏符号（Millersymbol），它以晶面在3个结晶轴上的截距系数的倒数比来表示。晶面符号应以最简单的数字表示。如（220）应写成（110），（h00）应写成（100）。设晶体的轴率为a∶b∶c，某一晶面在a轴、b轴、c轴上的截距之比为pa∶qb∶rc，取截距系数p、q、r的倒数比，则1/p∶1/q∶1/r＝h∶k∶l，式中：h∶k∶l应化为最简单的整数比，然后

5、略去比例符号，用小括号括起来，写作（hkl）形式，即为晶面的米氏符号，其中h、k、l称为晶面指数。例如，某一晶面在3个结晶轴上的截距之比为2a∶3b∶6c，截距系数的倒数比为1/2∶1/3∶1/6＝3∶2∶1，其晶面符号即为（321）。当晶面与某一结晶轴平行时，相应的该晶面指数即为0；晶面如截某一结晶轴于负端时，其负号写于相应的晶1面指数的上方。例如（001）即代表截c轴于负端而与a轴、b轴均相平行的晶面。三方和六方晶系由于有4个结晶轴，相应地其晶面符号便由4个晶面指数组成，依次与a轴、b轴、d轴和c轴相对应，且前3个晶面指数之代数和永远为0，例如（1010）、（

6、6151）等。应注意晶面符号与单形符号的区别。后者是用大括号括起来的，代表整个单形，如｛321｝、｛6151｝等。米氏符号系由英国结晶学家米勒（WilliamHallowesMiller）于1839年所创的。除米氏符号外，尚有一种魏氏符号（Weissnotation），系由德国学者魏斯（，在早期曾有使用。它是直接以pa∶qb∶rc的形式来表示的。例如（321）晶面即记为：2a∶3b∶6c或a∶32b∶3c；（001）晶面则记为∞a∶∞b∶c。此外尚有诺曼符号（Numannsymbol）等等，但都极少使用。[1]晶癖;crystalhabit性质：指特定晶体品种在常

7、规外界条件下在自发生长进程中在晶体外形上表现出来的一种结晶习性或惯态。晶癖主要与晶体的晶格周期与晶体对称性相关，亦与晶体内原子的特殊排列相关，如石英单晶有强烈倾向生成由六方双锥与六方柱两种形状晶面组成的矩形，易长成棒状或针状的晶体预示着棒的方向晶体将有较短的周期，而对于片状的晶体，往往片的法线方向会有较长的晶体周期，食盐或天然盐湖中的NaCl的晶癖是立方体，但水溶液加入尿素杂质可使食盐生长出正八面体的外形。这表明杂质或介质等可对晶癖施加影响.不对称单位;asymmetricunit晶胞是在三维周期性意义上晶体结构的基本单元。考虑到晶体结构或晶胞中还存在其他对称性，

8、在广义对称