二代测序技术在血液系统疾病中的应用浅谈.ppt

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1、1二代测序技术在血液系统疾病中的应用2SequencingtheHumanGenomeYearprice2010199720081086422010:10K$,afewdays?2007:4541M$,3months2001:Celera100M$,3years2001:HumanGenomeProject2.7G$,11yearsTrendsinSequencingTechnology2003Sanger2008:ABISOLiD60K$,2weeks2009:Illumina,Helicos40-50K$2012:5K$,<24hrs?2015:1K$,<24hrs?2015三代测序技术

2、11代测序－双脱氧终止法（Sanger）22代测序(454,solexa,SOLiD)33代测序(单分子测序)TrendsinSequencingTechnology1代测序——SangerSequencing利用DNA聚合酶和双脱氧链终止测定DNA核苷酸序列的方法。英国剑桥分子生物学实验室的生物化学家FredSanger及其同事在1997年发明的。4优点片段长度(~900bps)适用于小片段缺点低通量费用高、耗时长TrendsinSequencingTechnology二代测序，高通量测序（NextGenerationSequencing、High-throughputSequencing、

3、DeepSequencing）:一次性对几百万到十亿条DNA分子进行并行测序，从而可对一个物种的转录组和基因组进行深入、细致、全貌的分析。目前主要有LifeTech的SOLiD系列、IonTorrentPGM和IonTorrentProton；Illumina的HiSeq和MiSeq序列；罗氏公司的Roche/454GSFLX和Junior。TrendsinSequencingTechnology2代测序——NextGenerationSequencing(NGS)5通量高准确度高分辨率高成本下降TrendsinSequencingTechnology7HighParallelismisAch

4、ievedinPolonySequencingPolonySanger83代测序——单分子测序：HeliScopeDNA测序时，不需要经过PCR扩增，实现了对每一条DNA分子的单独测序。第三代测序技术基因组也叫从头测序技术，即单分子实时DNA测序。第三代测序技术发明人：StephenWTurner&JonasKorlach博士基因测序技术逐渐成为临床分子诊断中重要技术手段第三代测序技术的应用在测序、甲基化研究、突变鉴定（SNP检测）9三代技术对比阅读长度Readlength测序技术SequencingTechnology输出数据Throughput(perrun)费用Cost(1mbp)*Sa

5、nger~800bpSanger400kbp500$454~400bpPolony500Mbp60$Solexa75bpPolony20Gbp2$SOLiD75bpPolony60Gbp2$Helicos30-35bpSinglemolecule25Gbp1$*Source:Shendure&Ji,NatBiotech,2008基于NGS肿瘤研究思路结构变异关键基因分子机制DNA水平全基因组重测序（Wholegenomesequencing）外显子组测序（Wholeexomesequencing）RNA水平转录组测序（Transcriptomesequencing）数字表达谱测序（Digita

6、lexpressionprofiling）小RNA测序（SmallRNAsequencing）长链非编码RNA测序（LongchainnoncodingRNAsequencing）表观遗传水平免疫共沉淀技术(ChromatinImmunoprecipitation，ChIP)全基因组甲基化测序（Wholegenomemethylationsequencing）简化甲基化测序（Simplifiedmethylationsequencing）NGS几种方法全基因组测序绘制体细胞突变图谱在全基因组范围内鉴定基因组变异信息。统计变异类型。筛选变异基因。注释突变基因功能研究视角研究内容全基因组范围外显子

7、组测序研究视角研究内容捕获外显子区域DNA进行进行高通量测序统计变异类型筛选变异基因注释突变基因功能1-2%基因组序列转录组测序研究视角研究内容针对样品在特定组织特定状态下的全部mRNA进行分析鉴定转录本结构变异鉴定差异表达基因变异基因及差异表达基因功能注释数字表达谱测序研究视角研究内容简便快速的定量检测疾病、不同阶段和特定状态下的组织基因表达的种类和表达水平信息。鉴定差异表达基因差异表达基因功能