小RNA测序的一些可选的生物信息分析内容.docx

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1、小RNA测序的一些可选的生物信息分析内容一、SmallRNA深度测序分析        分子RNA（SmallRNA）是生命活动的一类重要调控因子，长约10～40nt，广泛存在于从低等的病毒、线虫、植物到高等的动物机体中。主要包括微RNA(miRNA)、小干扰RNA（siRNA）、与piwi相互作用的RNA（piRNA）三类，它们通过包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成等多种途径，在生物体基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等过程中发挥着重要作用。        SmallRNA结合IlluminaHiSeq2500/MiSeq新一代测序平

2、台，一次性可获得数百万条sRNA序列，通过生物信息方法，可以在全基因组水平快速鉴定和预测各种类型的SmallRNA，得到其可能调控的基因的功能，为SmallRNA功能及其对基因调控机制的研究提供了有力工具。        目前，提供1×50bp读长，HiSeq2500、MiSeq两种测序平台的SmallRNA测序和信息分析服务。技术优势        精确度高：可以检测出sRNA单个碱基的差异；        灵敏度高：可以检测出组织中几个到几万个拷贝的sRNA；        价格低廉：一次可产出上百万条序列；        样品起始量低：使用NEB

3、原装smallRNA建库试剂盒及配套试剂，样品起始量低至3ug；        既可以鉴定已知的sRNA，又能够发现新的sRNA。生物信息分析内容        标准信息分析内容及流程：图1  SmallRNA标准生物信息分析流程图        此外，SmallRNA还有如下可选分析内容：        更多定制化分析内容，可以根据您的科研需求量身定制。项目流程        诺禾致源严格的样品检测流程，规范化的建库操作，高稳定的测序平台为您的项目获得高质量的数据提供了有力的保证。HiSeq2000项目周期45天，MiSeq测序项目周期14天。图2 

4、 HiSeq/MiSeqSmallRNA项目流程图建库测序流程        诺禾致源使用NEB针对Illumina测序平台研发的SmallRNA建库试剂盒（NEBMultiplexSmallRNALibraryPrepSetforIllumina）及配套的原装进口试剂，只需切胶一次，避免了反复切胶造成的SmallRNA信息丢失，大大减少了所需的样品量。图3  SmallRNA建库流程图 二、mRNA与microRNA联合分析        microRNA对靶基因的表达具有负调控作用。mRNA与microRNA联合分析是基于将成对样品分别进行Smal

5、lRNA，转录组或数字基因表达谱（DGE）测序后，在标准信息分析基础上，对差异microRNA及其对应靶基因进行联合分析。利用两者数据贯穿分析，可有效提升数据利用率，提高SmallRNA靶基因预测准确性，结合差异表达microRNA和差异表达mRNA的互作关系，能够得到多个microRNA与多个基因的调控关系网络。        microRNA与mRNA关联分析，可以广泛的应用于动植物的生长发育、基因调控机理、代谢及疾病的发生等领域。技术优势        数据利用率高：有效提升数据利用率，充分挖掘mRNA和SmallRNA的数据信息；       

6、 无需二次测序：可直接利用mRNA和SmallRNA的数据进行关联分析；        优质技术服务：针对客户研究物种和目的，提供方案设计。联合分析内容案例解析案例一  心脏结构特异转录组数据表明miRNA-mRNA之间存在保守的相互作用（Vacchi-SuzziC,etal.2013）研究背景        miRNA在基因表达的转录后水平调控中发挥重要作用，对心脏发育及心血管疾病的产生有重要影响。研究方法        本研究对鼠、比格猎犬和食蟹猴三个物种心脏的8个不同组织分别进行小分子RNA测序，通过表达水平上的负相关性和靶基因预测找出与心脏功能

7、相关的miRNA-mRNA之间的互作关系。研究结果1、在三个物种中的心脏瓣膜和心肌中各鉴定出了9个和7个保守miRNA被富集。用原位杂交的方法也同时验证了心肌中富集的miR-1和心脏瓣膜富集的miR-125b-5p和miR-204的组织特异性富集。2、通过表达水平上的负相关性和靶基因预测的方法鉴定出miR-1/Timp3、miR-125b/Rbm24、miR-204/Tgfbr2和miR-208b/Csnk2a2之间的miRNA/mRNA互作关系（图1），miRNA与其靶基因呈负相关。3、通过测序数据分析构建了三个物种中的心脏结构特异的miRNA/mR

8、NA表达数据集，为miRNA调节通路在心脏分子生理病理学研究提供了比较全面的数据。图4  数据