小RNA测序.pdf

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1、SmallRNA孟飞百迈客生物科技有限公司课程结构SmallRNA的研究SmallRNA的相关数据库简介SmallRNA的数据分析方法第一部分SmallRNA的研究SmallRNA的相关数据库简介SmallRNA的数据分析方法SmallRNA的研究•SmallRNA的简介•SmallRNA的研究状况•炙热的microRNA•microRNA的产生机理•microRNA与基因沉默•高通量smallRNA测序的优势SmallRNA的简介•到目前为止，发现的小RNA种类较多，研究比较成熟的主要有两类：–siRNA，小干扰RNA；–microRNA，微小RNA；–另外，还有其

2、他一些种类的小RNA，如piRNA（蛋白互作小RNA），snRNA（小核RNA），snoRNA（核仁小RNA）等种类。•其中在转录后水平调节mRNA表达的siRNA和microRNA成为现今研究的热点。SmallRNA的研究状况•诞生的研究背景–随着生物信息学的大发展，针对基因组学，转录组学及蛋白组学的研究日趋深入和广泛。•神奇的小RNA–短小的序列长度（如microRNA一般在18-24nt之间）；–多样的功能（从蛋白产物合成到基因表达调控）；–参与多种生物过程，起到至关重要的作用；炙热的miRNA•微小的身躯–长度一般在18—24nt长度之间；•调节的关键–调节基

3、因表达的关键（基因沉默）；•开启科学之门的钥匙–在发育、分化、凋亡过程中起着至关重要的作用，而且与疾病和癌症息息相关；microRNA产生机理植物动物siRNABartelDP:MicroRNAs:genomics,biogenesis,mechanism,andfunction.Cell2004816:281-297.microRNA与基因沉默•基因沉默是真核生物细胞基因表达调节的一种重要手段。•基因沉默的方式–抑制性沉默–降解mRNA序列高通量smallRNA测序的优势•SmallRNA的研究手段–microRNA芯片技术–高通量测序技术•高通量测序的优势–测序通

4、量高–可以发现新的microRNA–结合生物信息库，进行深入研究第二部分SmallRNA的研究SmallRNA的相关数据库简介SmallRNA的数据分析方法SmallRNA的相关数据库简介•SmallRNA的相关数据库•数据库的简介SmallRNA的相关数据库CleansmallRNA比对rRNA、tRNA、snRNA、分类注释小snoRNAetc；+RNA序列microRNA；数据库repbase、ExonIntro….•数据库是我们做smallRNA分类注释的基础。•数据库为我们提供针对smallRNA的一些更深入的资料。SmallRNA的相关数据库•注释rRN

5、A、tRNA、snRNA…etc–Rfam–ncRNA•注释已知的microRNA–miRBase–其他还有miRWalk、PlantmicroRNADatabase•注释smallRNA中的重复序列–Repbase•注释表达区的降解片段–ExonIntro区域序列–EST序列（NCBI下载）数据库的简介•Rfam–分家族注释sRNA•miRBase–注释已知的microRNA•Repbase–注释重复序列信息Rfam•Rfam数据库–是由sanger实验室维护下的一个对ncRNA进行家族分类的数据库。包括rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA等注释分类信息。

6、–通过多序列比对，序列二级结构，协方差模型以及交叉注释的方式来分类整理ncRNA的序列类型。–http://rfam.sanger.ac.uk/Rfam•数据库最新版本10.1，拥有1973个家族。miRBase•miRBase是sanger维护的microRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。•http://www.mirbase.org/miRBase•数据库概况–目前数据库更新至v18版本–数据库包含了168个物种的18226条microRNA的前体序列，以及21634条成熟的microRNA产物。–

7、参考文献http://nar.oxfordjournals.org/content/36/suppl_1/D154.fullmiRBaseRepbase•Repbase–真核生物DNA中的重复序列的数据库–进行转座子分析，基因组组装的重复序列分析的参考数据库。–可以对sRNA数据中的重复序列片段以及类型进行注释。–官方网站http://www.girinst.org/repbase/index.htmlRepbase第三部分SmallRNA的研究SmallRNA的相关数据库简介SmallRNA的数据分析方法SmallRNA的数据分析方法•SmallR