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时间:2020-08-29
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1、富含半胱氨酸多肽序列和结构分析姓名学号组号日期年月日1)研究背景1)搜索网络资源和文献数据库,了解植物抗菌肽的种类和特点,其中富含半胱氨酸的抗菌肽的序列、结构和功能特点。2)搜索网络资源和文献数据库,了解蜘蛛毒素的种类和特点,其中富含半胱氨酸的蜘蛛毒素的序列、结构和功能特点。3)搜索网络资源和文献数据库,了解金属硫蛋白的种类和特点,说明半胱氨酸在金属硫蛋白中的作用。2)序列比对1)从PDB数据库下载虎纹捕鸟蛛毒素-I(Huwentoxin–I)1QK6和美洲商陆抗菌蛋白1DKC氨基酸序列,用needle程序进行序列比
2、对,将结果填入下表:SequenceLengthScore1QK6/1DKCIdentity(%)Similarity(%)Gap(%)2)从PDB数据库下载以下几种已知结构的多肽毒素的氨基酸序列,进行多序列比对;根据其结构特征,调整比对结果。CodeNameSourceActivity1AXHAtracotoxin-HVIFunnel-webspidertoxin1HWTHuwentoxin-IChinesebirdspidertoxin1AGGOmega-agatoxin-IvbFunnel-webspid
3、ertoxin1EITmu-agatoxin-IFunnel-webspidertoxin1VTXdelta-Atracotoxin-HVIFunnel-webspidertoxinInsecticidaltoxinNeuromusculartransmissionblockerP-typecalciumchannelantagonistDiverseionchannelspecificitySodiumchannelblocker1OMNOmega-conotoxin-MVIIcMagusconeP-typeca
4、lciumchannelantagonist1OMGOmega-conotoxin-MVIIaMagusconeP-typecalciumchannelantagonist1GURGurmarinGymnemasylvestreSweettasterepressor3)检索UniProt/Swiss-Prot数据库中以I型人金属硫蛋白(humanmetallothionein),进行多序列比对,并创建序列图标(SequenceLogo),说明其保守序列位点特征。3.结构分析1)用蛋白质结构图形显示软件Swiss-Pd
5、bViewer分析1QK6和1DKC结构:2)a)1QK6含个半胱氨酸,按方式配对形成三队二硫键;二硫键平均键长约为埃;三对二硫键连接的-碳()间距离,最长为埃,最短为埃;b)选取两个分子中三对二硫键进行结构叠合(Fitmoleculesfromselection),均方根误差(RMSD)为埃;c)画图表示上述两个蛋白质分子折叠和二硫键形成的“三桥三叠”折叠方式。2)从PDB数据库分别下载人金属硫蛋白和结构域核磁共振结构1MHU和2MHU:a)人金属硫蛋白beta结构域含个半胱氨酸,个金属原子,每个金属原子和个半胱氨
6、酸螯合;b)人金属硫蛋白alpha结构域含个半胱氨酸,个金属原子,每个金属原子和个半胱氨酸螯合;c)绘图表示人金属硫蛋白beta和alpha结构域金属原子排列方式和原子间距离。3.根据上述两大类富含半胱氨酸的多肽分子分析结果,结合自己课题相关或你所熟悉的其它蛋白质分子,说明蛋白质分子序列、结构和功能多样性。
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