培训讲座――分子标记.ppt

《培训讲座――分子标记.ppt》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在PPT专区-天天文库。

1、分子标记简介王深浩中国农业科学院研究生院主要内容分子标记及其相关概念分子标记的类型与发展几种分子标记介绍1.广义的分子标记(molecularmarker)是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质。蛋白质标记如种子贮藏蛋白同工酶（指由一个以上基因位点编码的酶的不同分子形式）一.分子标记相关概念2.狭义的分子标记概念只是指DNA标记能反映生物个体或种群间基因组中某种差异特征的DNA片段，它直接反映基因组DNA间的差异。分子标记来源于DNA水平的突变突变(Mutation)是指DNA水平的可遗传的变异，不管这种DNA变异能不能导致可检

2、测的表型或生化改变。突变产生的变异是自然选择的基础。可遗传的突变在群体中扩散从而产生多态性。多态性(Polymorphism)－群体内同一DNA序列的两种或多种变异形式，统计表明：群体内任何两个生物个体平均每1000～10000个碱基对有一对有差别，这种差别就是多态性。3.分子标记的特点(相对形态，细胞，生化标记具有的优点)：（1）直接以DNA的形式表现，在生物体的各个组织、各个发育阶段均可检测到，不受季节、环境限制，不存在表达与否等问题；（2）数量极多，遍布整个基因组，可检测座位几乎无限；（3）多态性高，自然界存在许多等位变异，

3、无须人为创造；（4）表现为中性，不影响目标性状的表达；（5）许多标记表现为共显性的特点，能区别纯合体和杂合体。二.分子标记的类型与发展1.分子标记的类型①基于杂交的分子标记，如RFLP（Restrictionfragmentlengthpolymorphism,即限制性长度片段多态性）。②基于PCR的分子标记，它又分为两类：RAPD（RandomamplifiedpolymorphicDNA）DAF（DNAamplificationfingerprinting）SSCP（Singlestrandconfirmationalpoly

4、morphism）小卫星DNA（MinisatelliteDNA）微卫星DNA（MicrosatelliteDNA）,又称SSR（Simplesequencerepeat）ISSR（Intersimplesequencerepeat）AP-PCR（ArbitraryprimerPCR）它主要有SCAR（Sequencecharacterizedamplifiedregion）STS(Sequencetaggedsite)基于PCR技术的DNA扩增方法AFLP（Amplifiedfragmentlengthpolymorphism）

5、AFLP是先酶切，再用特殊设计的引物进行扩增CAPS（Cleavedamplifiedpolymorphicsequence）CAPS是先扩增，再酶切扩增片段PCR与酶切相结合的方法③基于DNA序列和芯片的分子标记，如SNP（Singlenucleotidepolymorphism）。三.几种分子标记介绍1.限制性片段长度多态性标记RestrictionFragmentLengthPolymorphismRFLP：限制性片段长度多态性，为第一代多态性记。原理：RFLP是由于染色体上单核甘酸突变或插入及缺失突变导致限制性酶切位点的增

6、加或减少，从而导致DNA酶切片段长度的变化，这种变化的检测通常是应用同位素或酶联免疫标记探针进行检测。RFLP原理示意图GTAGTCGATTGTCGAGAATTCGTCGGTGGTAAGCATCAGCTAACAGCTCTTAAGCAGCCACCATTCEcoRIEcoRI酶切位点单碱基突变导致RFLP多态性RFLP是由DNA一级水平的变异造成的。然而，如果DNA变异的位点不在内切酶位点，变异则很难被检测到，这个缺陷可以用增加内切酶的种类来弥补。这在实际工作中，单一酶切产生的多态性极其有限，主要取决于亲本材料的来源。正常情况下用到6

7、到8种酶来筛选多态性。不同的酶产生的多态性大不相同。技术路线：不同个体DNA的提取酶切凝胶电泳分开DNA片段转膜Southern杂交数据分析RFLP的特点A不受环境条件和发育阶段的影响B是共显性的C需要对探针进行标记，还要Southern杂交，耗时费力DDNA需要量大，难以用于大规模的育种2.随意扩增多态性DNA标记—RAPDRandomAmplifiedPolymorphismicDNA由单个短的随机序列引物对基因组进行PCR扩增，当两个反向互补引物结合位点间距离满足PCR扩增条件，就可以产生扩增片段。?RAPD扩增产物的多态性

8、是由于引物结合位点或结合位点间发生了重排、缺失或突变导致扩增产物的缺失。原理基因组中存在或长或短的被间隔开的颠倒重复序列WMWMRAPD原理示意图电泳图3、简单重复序列标记—SSR（simplesequenceRepeats）或者称为微卫星DNA（