图文详解MEGA-5构建系统发育树.doc

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1、图文详解MEGA 5构建系统发育树(2013-10-1120:52:49)如遇不妥，请指正。软件下载：MEGA5；DNAMAN7 1．准备序列文件准备fasta格式序列文件（fasta格式：大于号>后紧跟序列名，换行后是序列。举例如下）。每条序列可以单独为一个文件，也可以把所有序列放在同一文件内。核酸序列：>sequence1_nameCCTGGCTCAGGATGAACGCT氨基酸序列：>sequence2_nameMQSPINSFKKALAEGRTQIGF2．多序列比对打开MEGA5，点击Align，选择Edit/BuildAlignment，选择C

2、reateanewalignment，点击OK。  →  这时需要选择序列类型，核酸（DNA）或氨基酸（Protein）。 选择之后，在弹出的窗口中直接Ctrl+V粘贴序列（如果所有序列在同一个文件中，即可全选序列，复制）。也可以：点击Edit，选择InsertSequenceFromFile，选择序列文件（可多选）。   序列文件加载之后，呈蓝色背景（为选中状态）。点击按钮，选择AlignDNA（如果是氨基酸序列，则会出现AlignProtein）。弹出的窗口中设置比对参数，一般都是采用默认参数即可。点击OK，开始多序列比对。 比对完成后，呈现以下状

3、态。 这时需要截齐两端含有---的序列：选中含有---的序列，按键Delete删除（注意：两端都需要截齐）。截齐之后，保存文件为：filename.mas ↓3．构建系统进化树多序列比对窗口，点击Data，选择PhylogeneticAnalysis，弹出窗口询问：所用序列是否编码蛋白质，根据实际情况选择Yes或No。此时，多序列比对文件就激活了，可以返回MEGA5主界面建树了。 MEGA5主界面。点击Phylogeny，选择Construct/TestNeighbor-JoiningTree…弹出的对话框询问：是否使用当前激活的数据，选择Yes。这时

4、弹出建树参数设置对话框，更改No.ofBootstrapReplications为1000，其他参数默认即可，点击Compute。这里解释一下，Construct/TestMaximumLikelihoodTree…（ML）或Construct/TestNeighbor-JoiningTree…（NJ）或Construct/TestMinimum-EvolutionTree…（ME）为三种不同的建树方法，NJ方法最常用。  建树完成，效果如下所示。注意，要点击Bootstrapconsensustree查看树形。保存文件为filename.mts(可以

5、用MEGA5打开)。 4．后期修改为了美观，也是为了满足发表文章的要求，需要对进化树进行树形、字体、字号的修改。点击View，选择Options。弹出窗口中，在Tree标签中可以修改枝与枝之间的距离（TaxonSeparation）、枝长（BranchLength）和树宽（TreeWidth），调整至美观即可。Branch标签中，可以选择勾选“Hidevalueslowerthan%”，一般隐藏50%以下的数值。其他的参数可以自行研究，一般默认即可。  文字字体、字号的修改。方法1：点击Image，选择SaveasPDFfile，保存至filename

6、.pdf。打开软件AdobeIllustratorCS6，文件---打开---选择刚刚保存的PDF文件。修改好之后，文件---导出---可以导出很多种类型的文件。一般选择保存成TIFF（.tif）文件，颜色模式选择RGB，勾选LZW压缩，其他默认。方法2：点击Image，选择CopytoClipboard。粘贴到Word中，右击进化树图片，编辑图片。即可更改字体字号。修改好可以了。或者进一步导出图片格式：先将该word文件打印生成PDF文件，再用AdobeIllustratorCS6或AdobePhotoshopCS6导出图片格式。 Mega建树虽然C

7、lustalX可以构建系统树，但是结果比较粗放，现在一般很少用它构树，Mega因为操作简单，结果美观，很多研究者选择用它来建树。(1)首先用ClustalX进行序列比对，剪切后生成C:empjc-a.aln文件；(同上)(2)打开BioEdit程序，将目标文件格式转化为FASTA格式，File-Open-C:empjc-a.aln，File-SaveAs-C:empjc-b.fas；(3)打开Mega程序，转化为mega格式并激活目标文件，File-ConvertToMEGAFormat-C:empjc-b.fas→C:empjc-b.meg，关闭Te

8、xtEditor窗口-(Doyouwanttosaveyourchangesbeforeclo