蛋白质结构与功能预测网站.pdf

《蛋白质结构与功能预测网站.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。

1、蛋白质结构与功能预测2007年12月DNAsequenceProteinsequenceProteinstructureProteinfunction蛋白质序列分析主要内容蛋白质基本理化性质分析蛋白质亲疏水性分析蛋白质一级序列跨膜区结构预测卷曲螺旋预测翻译后修饰位点预测蛋白质序列分析蛋白质二级结构预测蛋白质二级结构蛋白质序列信号位点分析蛋白质超二级结构蛋白质结构域分析蛋白质三级结构蛋白质三维结构模拟蛋白质分类蛋白质家族分析ExPASy（ExpertProteinAnalysisSystem）Tools（http://expasy.org/tools

2、/）1.1.蛋白质基本理化性质分析蛋白质基本理化性质分析蛋白质理化性质是蛋白质研究的基础蛋白质的基本性质：相对分子质量氨基酸组成等电点（PI）消光系数半衰期不稳定系数总平均亲水性……实验方法：•相对分子质量的测定、等电点实验、沉降实验•缺点：费时、耗资基于实验经验值的计算机分析方法基于一级序列的组分分析氨基酸亲疏水性等分析为高级结构预测提供参考•Expasy开发的针对蛋白质基本理化性质的分析：–Protparam工具http://www.expasy.org/tools/protparam.html相对分子质量氨基酸组成等电点（PI）消光系数半衰期

3、不稳定系数总平均亲水性……蛋白质理化性质分析工具蛋白质理化性质分析工具工具网站备注AACompldenthttp://expasy.org/tools/aacomp/利用未知蛋白质的氨基酸组成确认具有相同组成的已知蛋白ComputepI/Mwhttp://expasy.org/tools/pi_tool.html计算蛋白质序列的等电点和分子量ProtParamhttp://expasy.org/tools/protparam.html对氨基酸序列多个物理和化学参数（分子量、等电点、吸光系数等）进行计算PeptideMasshttp://expasy

4、.org/tools/peptide-mass.html计算相应肽段的pI和分子量SAPShttp://www.isrec.isb-利用蛋白质序列统计分析方sib.ch/software/SAPS_form.html法给出待测蛋白的物理化学信息AACompIdentPeptideMass蛋白质理化性质分析蛋白质理化性质分析•Protparam工具http://www.expasy.org/tools/protparam.html计算以下物理化学性质：•相对分子质量理论pI值•氨基酸组成原子组成•消光系数半衰期•不稳定系数脂肪系数•总平均亲水性主要选

5、项主要选项//参数参数序列在线提交形式：•如果分析SWISS-PORT和TrEMBL数据库中序列–直接填写Swiss-Prot/TrEMBLAC号(accessionnumber)•如果分析新序列：–直接在搜索框中粘贴氨基酸序列输入Swiss-Prot/TrEMBLAC号打开protein.txt，将蛋白质序列粘贴在搜索框中输出结果输出结果•输入Swiss-Prot/TrEMBLAC号—分不同的功能域肽段功能域用户自定义区段点击不同功能域或是以直接粘贴氨基酸序列的方式得到以下结果氨基酸数目相对分子质量理论pI值氨基酸组成正/负电荷残基数原子组成分子

6、式总原子数消光系数半衰期14不稳定系数<40stable>40unstable脂肪系数总平均亲水性蛋白质亲疏水性蛋白质亲疏水性//跨膜区分析跨膜区分析(a)-TypeImembraneprotein(b)-TypeIImembraneprotein(c)-Multipasstransmembraneproteins(d)-Lipidchain-anchoredmembraneproteins(e)-GPI-anchoredmembraneproteins蛋白质亲疏水性分析蛋白质亲疏水性分析•疏水作用是蛋白质折叠的主要驱动力•分析蛋白质氨基酸亲疏水性

7、是了解蛋白质折叠的第一步•氨基酸疏水分析为蛋白质二级结构预测提供佐证•可用于分析蛋白质相互作用位点-抗原位点预测（预测准确率达56%）•是分析蛋白质跨膜区重要一步蛋白质跨膜区分析蛋白质跨膜区分析•α螺旋跨膜区主要是由20-30个疏水性氨基酸（Leu、Ile、Val、Met、Gly、Ala等）组成•亲水残基往往出现在疏水残基之间，对功能有重要的作用•基于亲/疏水量和蛋白质膜区每个氨基酸的统计学分布偏好性量•TMpred-http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html•SOSUI-http://bp

8、.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/常用蛋白质跨膜区域分析工具工具网站备注DAShttp://www.s