卵形鲳鲹肉碱棕榈酰基转移酶Ⅰ全长cDNA序列的克隆及生物信息学分析.pdf

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1、第35卷第3期广东海洋大学学报、，01．35No．32015年6月JournalofGuangdongOceanUniversityJun．2015卵形鲳肉碱棕榈酰基转移酶I全长cDNA序列的克隆及生物信息学分析方玲玲，王忠良，2一，陈刚，2一，汤保贵，2一，张健东，黄建盛，周晖(1．广东海洋大学水产学院／／2．广东省普通高校南海水产经济动物增养殖重点实验室／／3．广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室，广东湛江524088)摘要：采用RACE—PCR克隆卵形鲳(Trachinotusovatus)肉碱棕

2、榈酰基转移酶I(earnitinepalmit0yltransferaseI，CPTI)eDNA序列全长，并对其编码氨基酸进行生物信息学分析。结果表明，卵形鲳CPTI基因(GenBank登录号KP987456)cDNA序列全长2841bp，其开放阅读框(ORF)为2363bp，编码787个氨基酸，3·非编码区(URT)335bp，5t非编码区142bp；生物信息预测显示cP，基因编码的蛋白无信号肽序列，脂溶指数高达85．63，亲水性平均值(GRAVY)为一0．213，具有2个跨膜区螺旋，在第3l2和367氨基酸残基

3、处存在N一糖基化位点，在19个丝氨酸(Ser)、9个苏氨酸(Thr)和14个酪氨酸(Tyr)残基上可能发生磷酸化；二级结构中螺旋(Alphahelix)占比例最大，为40．66％；该蛋白亚细胞定位预测其主要分布于细胞质和线粒体中；分子系统进化分析显示，卵形鲳够CPTI蛋白与花鲈(Lateolabraxjaponicas)的同源性最高，达94％，与大黄鱼(Larimichthyscrocea)、金鲷(Sparusaurata)的次之，均为93％，与人(Homosapiens)、鼠(Musmusculus)等的同源性较

4、低(65％o关键词：卵形鲳够；肉碱棕榈酰基转移酶I；基因：克隆；生物信息分析中图分类号：Q785；Q959．483文献标志码：A文章编号：1673—9159(2015)03—0007—09MolecularCloningandBioinformaticsAnalysisofCarnitinePalmitoyltransferaseIinTrachinotusovatusFANG，Ling—ling，WANGZhong—liang’’，CHENGang’’3TANGBao．gui’'一ZHANGJian—dong，H

5、UANGJian—sheng1ZHOUHui，(1．FisheriesCollegeofGuangdongOceanUniversity／／2．KeylaboratoryofAquacultureinSouthChinaseafo，AquacultureEcomicAnimalofGuangdongHigherEducationinstitutesLaboratoryofFishAquaculture／／3．GuangdongProvincialKeyLaboratoryofPathogenicBiologyand

6、EpidemiologyforAquaticEconomicAnimals，Zhanjiang524088，China)Abstract：Thefull—lengtheDNAofearnitinepalmitoyltransferaseI(CPTI)inTrachinotusovatuswasclonedbyRACE(RapidAmplificationofcDNAEnds)．AndthestructureandfunctionofCPTIproteinwasanalyzedbybioinformaticsmeth

7、od．TheresultshowedthatcDNAsequenceofCPTIinTovatuswas2841bp，consistingofa5untranslatedregion(5一UTR)of142bp，a3一UTRof335bp，andopenreadingframewas2363bp，whichencoding787aminoacid(GenBank收稿日期：2015．05—13基金项目：国家海洋公益性行业科研专项(201205028)；广东省海洋经济创新发展区域示范专项(GD2012一A01—007，

8、GD2012一A02—003)：广东省教育厅创新计划专项(2012KJCX0063)；广西科技厅科技计划(桂科攻1222013—2)。第一作者：方玲玲(199o一)，女，硕士研究生，研究方向：鱼类种子工程与生物学；E-mail：1176950041@qq．corn通信作者：陈刚(1961-)，男，教授，研究方向：鱼类种子工程与增养殖；E-mail：cheng