杜仲MVA途径相关基因全长cDNA序列特征研究.pdf

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1、第34卷第1期中南林业科技大学学报Vb1．34No．12014年1月JournalofCentralSouthUniversityofForestry&TechnologyJan．2014杜仲MVA途径相关基因全长eDNA序列特征研究王淋la,b)乌云塔娜，刘慧敏la,b叶生晶la,b杜红岩(1．中南林业科技大学a．经济林育种与栽培国家林业局重点实验室；b．林学院，湖南长沙4100042．中国林业科学研究院经济林研发中心，河南郑州450003)摘要：杜仲幼果和成熟果转录组测序的基础上，分离鉴定了幼果和成熟果MVA途径ACOT、HMGS、HMGR基因全长cDNA

2、序列，并对基因的核苷酸序列及其相应氨基酸序列的组成成分、跨膜结构域、疏水性／亲水性、蛋白质二、三级结构、分子系统进化等进行分析。EuACOT基因全长cDNA为1248bp，编码416个氨基酸，属于稳定疏水性蛋白，无明显的跨膜区，在进化上分属于不同的分类群，与烟草和番茄的ACOT蛋白间的亲缘关系最为接近；EuHMGS基因全长eDNA为1356bp，编码452个氨基酸，属于不稳定的疏水性蛋白，无明显的跨膜区，在进化上分属于不同的分类群，与茶树的HMGS蛋白间的亲缘关系最为接近；EuHMGR基因全长eDNA为1770bp，编码590个氨基酸，属于不稳定的疏水性蛋白，

3、有两个较明显的跨膜区，在进化上分属于不同的分类群，与杜仲的HMGR蛋白间的亲缘关系最为接近；以上三个蛋白的二级结构均是以螺旋和螺环结构为主的混合型结构。关键词：杜仲；萜类物质；MVA途径；序列分析；生物信息学中图分类号：$727．34文献标志码：A文章编号：1673．923X(2014)01—0094．09StudyonfulllengthcDNAofMVApathwayrelatedgenesinEucommiaulmoidesWANGLinwuYuNTa．na2，LIUHui．min，YESheng~ing，DUHong—yah(1a．KeyLabofNo

4、n-woodForestProductofForestryMinistry；b．SchoolofForestry,CentralSouthUniversityofForestry&Technology,Changsha410004，Hunan，China；2．Non—timberForestryResearchandDevelopmentCenter,CAF,Zhengzhou450003，Henan，China)Abstract：ThisanalysiswasbasedondataofthetranscriptomesequencingofEucommiay

5、oungfruitandmaturefruit．TheterpenesynthesisofMVApathwayinvolvingof30Unigene．Weidentified3full-lengthcDNAinMVApathwayofyoungfruitandmaturefruit，Thesefull-lengtheDNAwereanalyzedandpredictedbythetoolsofbioinformaticsinthefollowingaspects：compositionofthenucleotidesequenceandcorrespondi

6、ngaminoacidsequence，transmembranestructure，hydrophobicityorhydrophilicity,secondaryandtertiarystructureofprotein，molecularphylogeneticevolutionandSOon．Theresultsareasfollows：Full—lengthcDNAofEuACOTgenehas1248bp，andcoded416aa，EuACOTisstablehydrophobicproteinwithouttransmembranedomain

7、，andbelongtodifferenttaxainevolution，highconsistencywiththeNicotianatabacumandLycopersiconesculentuminACOTproteinsequencesandhighstructure．Full—lengtheDNAofEuHMGSgenehas1356bp，andcoded452aa，EuHMGSisunstablehydrophobicproteinswithouttransmembranedomain，andhighconsistencywiththeCamell

8、iasinensisinHMGRpro