一个肝癌相关长链非编码RNA的克隆及序列分析-论文.pdf

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1、PII3I3器、)ln．pibb．ac．ca：l：一个肝癌相关长链非编码RNA的克隆及序列分析唐珂，魏芳)I孛昊黄宏斌，钔张文玲龚朝建)李夏雨∞宋亚莉z廖前进D彭淑平向娟娟周鸣马健z)李小玲’熊炜，，∞李勇曾朝阳，。，“李桂源，，3】⋯()中南大学湘雅医学院附属肿瘤医院，湖南省肿瘤医院，长沙410013；2)中南大学肿瘤研究所，卫生部癌变原理重点实验室及教育部癌变与侵袭原理重点实验室，长沙410078；中南大学湘雅三医院疾病基因组研究中心，湖南省非可控性炎症与肿瘤重点实验室，长沙410013：4)国防科技大学信息系统工程重点实验室，长沙

2、410073；DepartmentofBiochemistryandMolecularBiology,CenterforGeneticsandMolecularMedicine，SchoolofMedicine，UniversityofLouisville，Louisville，KY40202，USA)摘要最近我们利用新一代测序(nextgenerationsequencing，NGS)技术对肝细胞癌(hepatocellularcarcinoma，HCC)患者活检标本及正常对照肝组织样品进行高通量RNA测序(RNA．sequencin

3、g，RNA．Seq)，在肝癌样品中染色体1lq13．1区域检测到几个相邻的RNASeq信号峰，而在正常对照组织中没有检测到，且该染色体区域目前尚无已知基因登录，提示这几个RNA—Seq峰可能代表一个或多个未知的新基因．以此为线索，证实这几个RNA．Seq峰来自同一个新基因，并克隆了该基因全长序列，在克隆该基因全长序列时，发现该基因编码的RNA存在多种剪接形式，最长的转录本为3562bp．将该基因编码的12条代表性RNA转录本序列递交到美国国立生物技术信息中心(N~ionalCenterforBiotechnologyInformatio

4、n，NCBI)的GenBank数据库中，GenBankID号分别为KC136297~KC136308．该基因编码的RNA没有发现明显的开放阅读框(openreadingfragment，ORV)，提示该基因可能编码长链非编码RNA(1ongnon．codingRNA，lncRNA)．为了探讨该lncRNA基因可能的转录调控机制，我们用生物信息学方法预测了该lncRNA基因潜在启动子区域，发现在其转录起始位点上游一719~-469bp处有一个潜在的启动子，其中包含7个Spl、1个STAT5和1个EGR1转录因子结合位点．该lncRNA在肝

5、细胞癌发生发展过程中的作用机制值得进一步深入研究．关键词长链非编码RNA，肝细胞癌，染色体1lq13．1，基因克隆，生物信息学学科分类号Q61DOI：10．3724／SP．J．1206．2012．00613原发性肝癌是亚洲与部分非洲地区的高发肿新一代测序技术对生物样品转录的全部RNA进行瘤，其病死率居我国恶性肿瘤的第二位，五年生存高通量测序，以获得被测样品转录组率只有5％左右，肝癌的防治及其发病机制研究一ftranscriptome)数据的一种重要新技术．直是我国医学科学研究中的重要课题．肝细胞癌(hepatocellularcarci

6、noma，HCC)是原发性肝癌的一国家自然科学基金(81372907，81172189，81171930，81272298，种主要类型，尽管目前在肝细胞癌的诊断和治疗方81272255和91229122)，湖南省自然科学基金(14JJ1010)，霍英东高面有了新的进展，但是对于其发生发展及转移的确校青年教师基金(121036)，中央高校基本科研业务费专项基金切机制仍然存在大量未知的问题．(2011JQ020)及中南大学博士后科学基金资助项目．共同第一作者．新一代测序(nextgenerationsequencing，NGS)¨通讯联系人

7、．Tel：0731-84805383技术的迅猛发展将基因组水平的研究带入了一个新曾朝阳．E—mail：zengzhaoyang@xysm．net的阶段，许多基于全基因组的研究成为可能，李桂源．E—mail：ligy@xysm．netRNA测序(RNA—sequencing，RNA—Seq)]就是利用收稿日期：2013—03—20，接受日期：2013—07．11·154·生物化学与生物物理进展Prog．Biochem．Biophys．最近我们利用新一代测序技术对肝细胞癌患者RNA的5，端及3端全长序列．针对本项目RNA活检标本及正常对照肝

8、组织样品进行ILNA—Seq，序列用于GeneRacerTM反应的基因特异性引物(gene在肝癌样品中检测到染色体1lq13．1区域存在相邻specificprimer，GSP)大致位置和方向见图1c，序的