变性与非变性PAGE在检测家蚕微卫星PCR产物中差异.pdf

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1、第43卷第4期2012年11月委素通敲Vo1．43No．4Nov．．2012BulletinofSericulture·19·变性与非变性PAGE在检测家蚕微卫星PCR产物中差异连伟，翁宏飚(1．温州医学院仁济学院，浙江温州325000；2．浙江省农业科学院蚕桑研究所，浙江杭州310020)摘要：利用公布的家蚕基因组序列，设计特定的家蚕微卫星引物，对8A"不同品种家蚕的微卫星位点进行PCR扩增，所得PCR产物经变性与非变性聚丙烯凝胶(PAGE)分离，银染后发现在非变性PAGE上，条带较粗且模糊，非特异带较多，导致读带误差增大；而在变陛PAGE上，所得条带较细且比较清晰，非特异

2、带明显减少，有利于降低统计误差。关键词：SSR分子标记；PCR；PAGE中图分类号：$8881．2+4文献标识码：A文章编号：0258—406912012104—001—04TheDiferenceintheDetectionofSSRProductswithDenaturedandnon-denaturedPAGELIANWei，WENGHong-biao(．WenzhouMedicalUniversity,ReCollege，Whenzhou325000,China2．SericulturalInstitute，ZhefiangAcademyofAgriculturalS

3、ciences，Hangzhou310020,China)Abstract：SilkwormSSRprimersweredesignedbasedonthesilkwormgenomesequence．SSRproductswereamplifiedfrom8silkwormvarieties，anddetectedbydenaturedandnon—denaturedgelsrespectively．Innon—denaturedgel，thereweremanynonspecificbandsandshadowbands，leadingtomisreadofamplica

4、tion．Indenaturedgel，nonspeeifieandshadowbandsweregreatlylessenedwhileclearpurposedbandswereshowed，infavorofdecreasingthestatisticalerror．Keywords：SSRMolecularMarker；PCR；PAGE微卫星(Microsatellite，MS)又称简单序列重复都有广泛应用[6叫。目前微卫星PCR产物的检测方法(SimpleSequnceRepeat，SSR)或短串联重复(Short主要有荧光标记引物的测序法，同位素标记引物的Tand

5、emRepeats，STR)，是指基因组中以少数几个核聚丙烯酰胺电泳法，以及银染变性或非变性聚丙烯苷酸(多数为2—4个)为单位多次串联重复组成的长酰胺凝胶分离方法。测序仪法是目前普遍应用、自达几十个核苷酸的序列。其中最常见的是双核苷酸动化程度最高、结果也最可靠的检测手段，但由于其重复，如(AC)、(TG)等，微卫星DNA广泛分布在真成本较高，因此仍有很多研究通过PAGE一银染的方核生物的基因组中，大约每隔10—550kb就存在一个法来鉴定微卫星产物。微卫星。微卫星DNA由于具有特异性的PCR扩增、我国作为家蚕的发源地，目前保存有1000多份多态信息容量高、在基因组中分布广、分

6、布均匀、分形态性状存在差异的遗传资源，是开展家蚕育种的析快速、共显性等特点，逐步发展成为基因图谱遗传基础。但是由于可用于品系鉴定和育种的形态构建及群体遗传结构分析中不可缺少的遗传标记性状有限，不能完全准确地反映品系间的遗传关系，之一r2]，在基因定位克隆和数量性状(QTL)分析b]、许多在遗传上不同的品系，却表现出相似的形态性标记辅助育种、分子标记连锁图构建、个体鉴定以状。另外，因为具有重要的经济价值和丰富的遗传及群体遗传分析、亲缘关系及遗传起源研究等方面资源，家蚕也被认为是理想的全变态型昆虫的模式作者简介：连伟(1991一)，男，浙江温州人，温州医学院仁济学院本科生。E—m

7、ail：blacker1991527@163．com·20·蚕桑通报2012年第43卷第4期生物。因此，有必要寻求能更好揭示遗传差异，反映Southern杂交等实验，拥有提取速度快，提取量高、不同家蚕品系问的遗传关系的方法。已有的研究表RNA污染少、基因组DNA大小20—50kb、稳定等特明微卫星标记技术是开展家蚕遗传多样性研究的有点。力工具，将在家蚕分子标记辅助育种中扮演重要角试剂盒样品要求和内容详见说明书。提前准备色随。本实验比较了变性与非变性PAGE电泳检测550c，70℃水浴。基因组DNA抽提步