CLIP相关技术的研究进展.pdf

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1、军事医学２０１３年１１月第３７卷第１１期ＭｉｌＭｅｄＳｃｉ，Ｖｏｌ３７，Ｎｏ１１，Ｎｏｖ，２０１３８６７CLIP相关技术的研究进展１，２２１，２２２２２邢伶越，张彦，黄静，李平，王洋，师明磊，赵志虎［摘要］在真核生物基因表达的转录后调节中，ＲＮＡ结合蛋白（ＲＢＰ）起着关键作用，很多ＲＢＰ的异常与人类疾病的发生密切相关。自２０００年的ＲＮＡ免疫沉淀和芯片分析方法（ＲＮＡｉｍｍｕｎｏｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎｗｉｔｈｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｄｉｓｐｌａｙｏｒｍｉｃｒｏａｒｒａｙａｎａｌｙｓｉｓ，ＲＩＰ-ＣｈＩＰ）出现以来，人们开始就ＲＢＰ与ＲＮＡ相

2、互作用进行了系统而广泛的研究。经过改良和发展，基于体内实时紫外交联免疫沉淀法（ｕｌｔｒａｖｉｏｌｅｔｃｒｏｓｓｌｉｎｋｉｎｇａｎｄｉｍｍｕｎｏｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎ，ＣＬＩＰ）、交联免疫沉淀ｃＤＮＡ文库高通量测序法（ｈｉｇｈ-ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｏｆＣＬＩＰｃＤＮＡｌｉｂｒａｒｙ，ＨＩＴＳ-ＣＬＩＰ）、光催化核糖核苷增强交联和免疫沉淀法（ｐｈｏｔｏａｃｔｉｖａｔａｂｌｅ-ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ-ｅｎｈａｎｃｅｄｃｒｏｓｓｌｉｎｋｉｎｇａｎｄｉｍｍｕｎｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎ，ＰＡＲ-ＣＬＩＰ）以及提高个别核苷酸分

3、辨率交联和免疫共沉淀法（ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎＣＬＩＰ，ｉＣＬＩＰ）等ＲＩＰ-ＣｈＩＰ衍生方法相继产生，使用这些方法，可以解析ＲＢＰ的ＲＮＡ识别特异性，而且通过与高通量测序技术结合，可以实现转录组尺度的ＲＢＰ的靶序列的鉴定，分辨率也得到极大提高。该文就ＲＮＡ与蛋白的相互作用的基本原理及其研究进展、相关技术存在的问题以及发展趋势进行简要综述。［关键词］ＣＬＩＰ；紫外交联；免疫沉淀法；ＲＮＡ结合蛋白质类［中图分类号］Ｑ７５３［文献标志码］Ａ［文章编号］１６７４-９９６０（２０１３）１１-０８６７-０３DOI：１

4、０．７６４４／ｊ．ｉｓｓｎ．１６７４-９９６０．２０１３．１１．０１７Cross-linkingandimmunoprecipitationassayanditsdevelopment１，２２１，２２２２２倡XINGLing-yue，ZHANGYan，HUANGJing，LIPing，WANGYang，SHIMing-lei，ZHAOZhi-hu（１．ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅｓ，ＡｎｈｕｉＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｈｅｆｅｉ２３０６０１，Ｃｈｉｎａ；２．ＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＡｃａｄｅｍｙｏｆＭｉｌｉｔａ

5、ｒｙＭｅｄｉｃａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ，Ｂｅｉｊｉｎｇ１０００７１，Ｃｈｉｎａ）倡Ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇａｕｔｈｏｒ，Ｔｅｌ：０１０-６６９４７７５，Ｅ-ｍａｉｌ：ｚｈａｏｚｈ＠ｂｍｉ．ａｃ．ａｎ［Abstract］Ｉｔ′ｓｒｅｐｏｒｔｅｄｔｈａｔＲＮＡ-ｂｉｎｄｉｎｇｐｒｏｔｅｉｎｓ（ＲＢＰ）ｐｌａｙｋｅｙｒｏｌｅｓｉｎｐｏｓｔ-ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｏｆｅｕｋａｒｙｏｔｉｃｇｅｎｅｓ．ＴｈｅａｂｅｒｒａｔｉｏｎｓｏｆＲＢＰａｒｅａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈａｌａｒｇｅｎｕｍｂｅｒｏｆｈｕｍａｎｄｉｓｏｒｄｅｒｓ，

6、ｐａｒｔｉｃｕｌａｒｌｙａｕｔｏｉｍｍｕｎｅａｎｄｎｅｕｒｏ-ｌｏｇｉｃｄｉｓｅａｓｅｓ．ＴｈｅｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｂｅｔｗｅｅｎＲＮＡａｎｄｐｒｏｔｅｉｎｓｈａｓｂｅｅｎｗｉｄｅｌｙｅｘｐｌｏｒｅｄｓｉｎｃｅｔｈｅｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｏｆｔｈｅｍｅｔｈｏｄｋｎｏｗｎａｓＲＮＡｉｍｍｕｎｏｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎｗｉｔｈｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｄｉｓｐｌａｙｏｒｍｉｃｒｏａｒｒａｙａｎａｌｙｓｉｓ（ＲＩＰ-ＣｈＩＰ）ａｒｏｕｎｄｔｈｅｙｅａｒｏｆ２０００．Ｓｉｎｃｅｔｈｅｎ，ｄｉｖｅｒｓｅｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓｏｆｔｈｅＲＩＰ-ＣｈＩＰ，

7、ｓｕｃｈａｓｕｌｔｒａｖｉｏｌｅｔｃｒｏｓｓｌｉｎｋｉｎｇａｎｄｉｍｍｕｎｏｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎ（ＣＬＩＰ），ｈｉｇｈ-ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｏｆＣＬＩＰｃＤＮＡｌｉｂｒａｒｙ（ＨＩＴＳ-ＣＬＩＰ），ｐｈｏｔｏａｃｔｉｖａｔａｂｌｅ-ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ-ｅｎｈａｎｃｅｄｃｒｏｓｓｌｉｎｋｉｎｇａｎｄｉｍｍｕｎｏｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎ（ＰＡＲ-ＣＬＩＰ），ａｎｄｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎＣＬＩＰ（ｉＣＬＩＰ）ｈａｖｅｂｅｅｎｄｅｖｅｌｏｐｅｄ．Ａｌｌｔｈｅｓｅｍｅｔｈｏｄｓｈ

8、ａｖｅｓｏｍｅａｄｖａｎｔａｇｅｓｏｖｅｒｔｈｅｏｒｉｇｉｎａｌＲＩＰ-ＣｈＩＰａｎｄｇｒｅａｔｌｙｆａｃｉｌｉｔａｔｅｔｈｅｓｔｕｄｙｏｆＲＢＰ-Ｒ