PCR－DGGE技术在活性污泥细菌多样性中的条件研究-论文.pdf

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1、第31卷第3期黑龙江大学自然科学学报VoL31No．32014年6月JOURNALOFNATURALSCIENCEOFHEILONGJIANGUNIVERSITYJune，2014DOI：10．13482／j．issnl001—7011．2014．05．119PCR—DGGE技术在活性污泥细菌多样性中的条件研究杨明月，接伟光，蔡柏岩，，(1．黑龙江大学生命科学学院黑龙江省普通高等学校微生物重点实验室，哈尔滨150080；2．黑龙江东方学院食品与环境工程学部，哈尔滨150086；3．黑龙江大学农业微生物技术教育部工程研究中心，哈尔滨150500)摘要：探讨

2、了适用于分析研究活性污泥中细菌多样性的PCR—DGGE实验条件。采用Nested-PCR(巢式PCR)技术扩增污泥中细菌的16SrDNAV3区域，利用该扩增产物对污泥中细菌DGGE条件进行优化。结果表明，所采用的Nested—PCR技术准确性较高，可从微量的DNA中扩增出分子大小约190bp的目标片段。经DGGE条件优化，确定其最佳DGGE条件为丙烯酰胺浓度8．0％，PCR产物作为DGGE上样样品，凝胶变性梯度范围3O％～60％，电泳电压140V，电泳时间8h，电泳温度60℃。该研究为活性污泥中细菌的PCR—DGGE技术的后序研究提供有效途径。关键词：活

3、性污泥；16SrDNA；Nested—PCR；变性梯度凝胶电泳中图分类号：X703文献标志码：A文章编号：1001—701l(2014)03—0386—06OptimizationofPCR-DGGEconditionsintheinvestigationofactivatedsludgebacterialdiversityYANGMing—yue，JIEWei—guang，CAIBai．yan’'(1．KeyLaboratoryofMicrobiology，CollegeofLifeSciences，HeilongjiangUniversity，Har

4、bin150080，China；2．Depa~一mentofFoodandEnvironmentEngineering，HeilongjiangEastUniversity，Harbin150086，China；3．EngineeringResearchCenterofAgriculturalMicrobiologyTechnology，MinistryofEducation，Harbin150500，China)Abstract：PCR—DGGEexperimentalconditionsofbacteriainactivatedsludgewerei

5、nvestigatedinthisWOrk．SludgebacteriaV3domainsequencesof16SrDNAregionwereamplifiedinNested．PCR．TheamplifiedproductsofthesludgebacteriawereusedforDGGEanalysis．TheexperimentalconditionsforDDGEanalysiswereoptimized．TheexperimentalresultsshowedthattheNested．PCRtechniquewashighlyaccura

6、te；about190bptargetsegmentswereamplifiedfromthetraceDNA．Theoptimizedcondi—tionsforDGGEanalysiswereasfollowing：polyacrylamideconcentration8％。thedenaturinggradientfrom30％to60％．Theelectrophoresiswasrunningatafixedvoltageof140Vfor8hat60℃．ThisworkiShelpfulforfurtherstudyonRCR．DGGEanal

7、ysisofactivatedsludge．Keywords：activatedsludge；16SrDNA；Nested-PCR；denaturinggradientgelelectrophoresis收稿日期：2014一O1—08基金项目：黑龙江省普通高等学校青年学术骨干支持计划项目(1254G049)；黑龙江省普通高校微生物重点实验室(黑龙江大学)开放课题基金项目(2012MOI一7)作者简介：杨明月(1990一)，女，硕士研究生，主要研究方向：微生物生态学，E—mail：497390516@qq．tom通讯作者：蔡柏岩(1968一)，男，教授，博

8、士，主要研究方向：微生物生态学，E-mail：caibaiyan@126．tom