一种河口沉积物总DNA的高效提取方法.pdf

《一种河口沉积物总DNA的高效提取方法.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在应用文档-天天文库。

1、第32卷第3期江西科学V01．32No．32014年6月JIANCXISCIENCEJun．2014文章编号：1001—3679(2014)03—0323—05一种河口沉积物总DNA的高效提取方法王东升，黄江丽，谭胤静，田晓娟，张志红，丁建南(江西省科学院生物资源研究所，330096，南昌)摘要：研究主要目的是从河口沉积物中提取高质量DNA，为后期应用分子生物学技术研究河口沉积物微生物功能基因及种群分析等奠定基础。用CTAB—SDS一冻融法，样品预处理一CTAB—SDS一冻融法，样品预处理一CTAB—SDS一冻融一DNA重沉淀法和土壤总DNA提取试剂盒法提取3种河口沉积物总DNA，通

2、过DNA琼脂糖凝胶电泳、DNA纯度和浓度及16SrDNA的PCR扩增分别对这4种方法进行评价。结果显示，样品预处理一CTAB—SDS．冻融法一DNA重沉淀所提取的DNA质量最高，可以用于后续的分子生物学研究。关键词：河口沉积物；环境微生物；DNA提取和纯化；方法优化中图分类号：Q939．94文献标识码：AAnEficientMethodforDNAExtractionfromEstuarineSedimentsMicroorganismWANGDongsheng，HUANGJiangli，TANYinjing，TIANXiaojuan，ZHANGZhihong，DINGJiannan

3、(InstituteofBiologicalResources，JiangxiAcademyofSciences，330096，Nanchang，PRC)Abstract：ThemainpurposeofthisresearchwastoextracthighqualityDNAfromestuarinesedi—mentsforstudyingmicrobialfunctionalgeneandpopulationanalysisbymoleculebiologytechnology．WeextractedthetotalDNAfrom3kindsofestuarinesedime

4、ntswithCTAB·—SDS·-frozen·-thawing-method，samplepretreatment-CTAB—SDS—frozen-thawing-method，samplepretreatmcnt—CTAB—SDS—frozen—thawing—precipitateDNA-methodandsoiltotalDNAExtractionKit，andassessedtheseDNAextractionmethodsbyDNAagarosegelelectrophoresis，DNApurityandconcentrationaswellasPCRamplific

5、ation16SrDNAgene．TheresultsshowedthatextractedtotalDNAbysamplepretreat—ment--CTAB·-SDS·-frozen·-thawing—-precipitateDNA-·methodhadthehighestqualityandcouldbeusedforsubsequentmoleculebiologystudies．Keywords：estuarinesediments；environmentalmicrobiology；DNAextractionandpurification，meth—odoptimiza

6、tiono引言委近些年来，分子生物学技术在环境工程学、微种群的分析与检测等就主要是应用分子生物学手收稿日期：2014—04—18；修订日期：2014—05—28作者简介：王东升(1976一)，男，江苏赣榆人，博士，助理研究员，主要从事微生物学研究。基金项目：国家自然科学基金项目(31260556)；江西省科技支撑计划项目(2013BBF60076)；江西省自然科学基金(2010BNA09100)；江西省科学院博士基金项目(2011YYB05)。通讯作者：丁建南(1955一)，男，湖南衡东人，博士，研究员，主要从事应用微生物学。·324·江西科学2014年第32卷段来研究，而提取高质量

7、的DNA是分子生物学实DNA沉淀和洗涤试剂：异丙醇，无水乙醇。验的前提和基础。已知土壤、特别是湖泊河流的1．3河口沉积物总DNA提取方法沉积物中含有大量的腐殖质，主要包括能溶于酸1．3．1方法11)沉积物中微生物的细胞裂解：也溶于碱的富里酸(FulvicAeids，FA)，溶于碱但称取1．5g沉积物样品，加3mLCTAB溶液，涡旋不溶于酸的胡敏酸(HumicAcids，HA)和不溶于充分混匀；在液氮和65℃水浴中反复冻融3次；酸碱的胡敏素(Humin，HM