基于科学计量方法的生物实体研究方案-论文.pdf

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1、中华医学图书情报杂志2015年7月第24卷第7期ChinJMedLibrInfSci，Vo1．24No．7July，2015·19·DOI：10．3969／j．issn．1671-3982．2015．07．005·研究与探讨·基于科学计量方法的生物实体研究方案李洋，于琦[摘要]指出了生物实体研究的必要性，总结分析了生物实体关系研究的发展和现状，根据与文献引用相类似的生物医学实体“引用”关系，提出了采用科学计量方法进行生物实体研究的想法及具体方案。该研究的开展将发展和完善科学计量学理论和实践研究，开辟知识管理研究的新视角。[关键词]生物实体

2、；概念实体；知识发现；知识挖掘；科学计量方法；引用网络[中圈分类号】G350；R-058[文献标志码]A[文章编号]1671-3982(2015)07-0019-04Scientometricmethods-basedresearchprojectofbio-entitiesLIYang。，YUQi(1．ShanxiMedicalUniversityNo．1SchoolofClinicalMedicine，Taiyuan030001，ShanxiProvince，China；2．ShanxiMedicalUniversityManagem

3、entSchool，Taiyuan030001，ShanxiProvince，China)Correspondingauthor：YUQi[Abstract]Afterthenecessityofresearchonbio-entitieswaspointedout，theadvancesandstatusquoinresearchontherelationbetweenbio-entitieswereanalyzedwithconcreteideasandprojectputforwardfortheresearchonbio-enti

4、tiesusingscientometricmethodsaccordingtothe”citation”relationinbio-entitiessimilartothatinlitera-ture．ThiskindofresearchwillpromoteandperfecttheresearchonscientometriCtheoryandpractice．andopenanewvisualanglefortheresearchonknowledgemanagement．[Keywords]Bio-entity；Concepte

5、ntity；Knowledgediscovery；Knowledgemining；Scientometricmethod；Cita—tionnetwork1生物实体研究问题的提出这些生物实体间的相互关系。这些研究对于揭示细人类基因组计划的提出和完成，全面改变了生胞内和细胞间的作用机理、疾病标靶基因的发现以命科学的面貌，开辟了基因组学发展的新纪元-lJ。及新药的研制等具有重大意义。科学家开始融合信息科学、计算机科学以及数学等随着科技的不断进步及基因组学的迅速发展，学科的理论和技术，整体研究一个生物系统中所有生生物医学领域海量的新生物实体不断

6、被科研人员发物实体(Gene、Disease、Phenotype、ChemicalCompound、现_3J，与这些生物实体相关的知识形成了大量与Protein、Drug和Virus等)的构成，以及特定条件下人类健康密切相关的科研成果。这些成果大都以论文形式发表，并被数字化成[基金项目]山西省高等学校创新人才支持计划电子文献。由于这些文献都是非结构化的自然语[作者单位]1．山西医科大学第一临床医学院，山西太原030001；言，因此为了获取研究所需的实体关系知识，科研人2．山西医科大学管理学院，山西太原030001员需要花费大量的时间和精力

7、来阅读数量众多的文[作者简介】李洋(1992一)，男，山西太原人，本科。献。于是，一种新的需求应运而生，那就是如何从海【通讯作者】于琦(1982一)，男，山西临汾人，博士，副教授，主持和量的生物文献中迅速地找到生物实体之间可能存在参与国家课题3项，参著作l部，发表论文30余篇。E—mail：yuqi351@gmail．com。的关系。中华医学图书情报杂志2015年7月第24卷第7期ChinJMedLibrInfSci，Vo1．24No．7July，2015·21·然有关生物实体的研究已取得一些成果，但仍局限物实体所代表知识的流动轨迹，探索

8、生物医学知识于生物实体的识别研究和基于共现关系的生物实体转移和扩散的规律。关系研究。因此，本文拟基于科学计量方法进行生我们在前期的研究中，基于上述假设构建生物物实体评价研究，即选取科研文献中出