基于结合位点的辅酶A结合蛋白家族的分类.pdf

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1、物理化学学~(WuliHuaxueXuebao1MayActaP．一Chim．Sin．2011，27(5)，1223-12311223[Article]www．whxb．pku．edu．cn基于结合位点的辅酶A结合蛋白家族的分类樊迪s刘振明金宏威张亮仁(北京大学药学院，天然药物及仿生药物国家重点实验室，北京100191)摘要：发展了一种基于分子相互识别的蛋白质分类方法，应用数据挖掘策略与统计学聚类，根据辅酶A(coenzyme．A，CoA)结合蛋白的结合模式特征数据，通过对比和分析多种分类方法对该体系的分类准确度，对这类体内重要的蛋白进行了分类

2、方法学研究，选择了最优的两步聚类法．本研究工作设计和建立了一个分类参数。可以简洁有效地评价出各个结合特征的显著性与重要性，并以此为依据从所有特征中筛选出决定性的特征变量．研究结果所得到的CoA结合蛋白的三个分类，都具有显著的氢键与疏水结合特征CoA可以与多个生物活性关键氨基酸残基形成氢键作用．这些相互作用的共性及分类上的差异，说明了配体与不同受体相互作用过程中结合模式上的细微差别，对于以CoA结合蛋白为靶点的选择性调控分子设计具有重要的参考意义与指导作用．关键词：辅酶A：蛋白质分类：结合模式：聚类分析：泛酰巯基乙胺链中图分类号：O641Clas

3、sificationofCoenzyme-ABindingProteinsBasedonCo-FactorBindingModesFANDi。LIUZhen—Ming’JINHong—WeiZHANGLiang-Ren(StateKeyLaboratoryofNaturalandBiomimeticDrugs，SchoolofPharmaceuticalSciences,PekingUniversity,Beijing100191．R．China)Abstract：Thisstudydevelopedamutualrecognitionofth

4、eproteinsbasedonmolecularclassification。dataminingstrategiesandthestatisticalclusteringmethod．whichwasappliedtostudyandclassifi／clustersofcoenzyme-A(CoA)bindingproteinswiththeirbindingpaRernsextractedbyusingPocket1．0program．SeveraIstrategieshavebeenevaluatedfortheaccuracyoft

5、hesystemanalysisandthetwo-stepclusteringmethodhasbeenshowntobethebest．TheresultsrevealedthattheknownCoAbindingproteinscanbeclusteredintothreegroupsbyusingthisapproach．Thedesignedclassificationcoefficientwasusedefectivelytoidentifythecriticalfeaturesforclassification．Theresul

6、tsshowthatbothhydrogenbondsandhydrophobicjnteractionsarejmpo~antjnalJthreeclustersandthatquiteafewimpo~antresiduesrelatedtobiologicaIactivitiesareinvolvedintheformationofhydrogenbonds．Theclassificationoftheseinteractionsandthediscoveryofthecharacteristicsanddiferencesbetween

7、thethreeclusterswilIhavesomeutilityforthedesignofspecificagonistsandantagonists．KeyWords：Coenzyme—A：Proteinclassification；Bindingmode；Clusteranalysis；PantetheineReceived：December17，2010；Revised：January25，201l；PublishedonWeb：March18，2011．Correspondingauthors．ZHANGLiang—Ren，Em

8、ail：liangren@bjmu．eud．cn；Tel：+86—10—82802567．LIUZhen—Ming，Email：zmliu@bjmu．