基于pdb的转录因子结合位点的预测毕业设计论文

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1、南京邮电大学毕业设计（论文）题目基于PDB的转录因子结合位点的预测专业生物医学工程毕业设计（论文）原创性声明本人郑重声明：所提交的毕业设计（论文），是本人在导师指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已注明引用的内容外，本毕业设计（论文）不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品成果。对本研究做出过重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明并表示了谢意。论文作者签名：日期：年月日摘要mRNA转录起始调控是调控的基本控制点，其实质是转录因子结合相应的调控元件，影响了RNA聚合酶的活性，从而影响了基因的转录水平。本文从蛋白-核酸复合物的结构数据出发，利用复合物作用力计算软件

2、得出复合物中可能存在的氨基酸侧链同核酸之间的作用对。统计复合物集合中氨基酸侧链-碱基作用对的使用情况，计算出使用频率。把频率差异转化成数量参数生成打分矩阵，再结合转录因子同DNA的结合模式，用于结合位点的预测。通过序列比对可以得出同家族中核酸序列部分也具有一定的相似性，初步得出结合模式，通过验证该结合模式下的打分值排名均非常靠前，但用于结合位点的预测具有相当大的局限性。最后在上述研究的基础上，构建了转录因子结合位点预测平台。关键词：基因调控；蛋白-核酸复合物；转录因子；结合位点AbstractmRNAtranscriptionregulationisthebasicstepinge

3、neregulation.Itsessentialisthattranscriptionfactors(TF)bindtoelementstoaffecttheRNApolymerase’sactiveness.Fromthe3-Dstructuraldataofprotein-DNAcomplexes,NUCPLOTsoftwarecomputesalltheinteractionbetweenamino-acids’sidetrainsandDNA.Thispapermakesthepresentfrequencyof20*4kindsofaminoacid-baseinter

4、actionsineachset.Thedifferenceofeachset’spresentfrequencyisobserved.Sothequantityparameterisusedtorepresentthepreferenceofaminoacid-basepairsinaprotein-DNAcomplexdataset.Theparameterformsthescoringmatrix,withthebindingmodeofTFtoDNA,thepotentialbindingsitsofTFarepredicted.Throughthealignmentapp

5、roachwecanlearnthatthenucleicacidsequencesalsohaveacertainsimilarityinthesamefamily.Sowecangetthepreliminarybindingmode.Byverifyingwecanfindthatthevalueofthebindingmodeisinveryfrontrank.Butwestillcan’tusethisbindingmodetopredictthebindingsites.Basedonthispaper’sresearchresults,aplatformiscreat

6、edtopredictthepotentialDNAbindingsiteofTF.Keywords:generegulation；protein-DNAcomplex；transcriptionfactor；bindingsite目录第一章绪论…………………………………………………………………………...11.1基因研究………………………………………………………………………11.2基因表达调控原理……………………………………………………………11.2.1基因表达………………………………………………………………..11.2.2基因调控………………………………………………………………

7、..21.3生物信息学及其在调控元件预测中的运用………………………………21.3.1生物信息学……………………………………………………………...21.3.2调控元件预测…………………………………………………………..31.4课题研究内容………………………………………………………………5第二章氨基酸-碱基相互作用的研究………………………………………………..62.1蛋白-核酸的空间结构……………………………………………….….62.1.1脱氧核糖核酸（DNA）的空间结