寻找启动子区域和预测转录因子结合位点ppt

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1、目的：寻找promoter区域预测Transcriptionfactorbindingsite举例：预测人基因ANKH上游2000bp启动子区域中NF-kB的结合位点寻找promoter区域用NCBI：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/用UCSC：http://www.genome.ucsc.edu/用Ensembl：http://www.ensembl.org/index.html用公司信息（只包含公司拥有promoterclones的信息）：http://www.gen

2、ecopoeia.com/寻找promoter区域NCBIttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/选择Gene,输入ankh,点击search选择第一项，人类Homosapiens的ANKHChromosome5location14704909-14871887,complement(反义链)即-14871887到-14704909为基因范围此例中选取-14873887到-14871887约2000bp核苷酸序列作为启动子区域寻找promoter区域图形显示FASTA

3、格式显示的核苷酸序列输入序列可以查询染色体位置ANKHgene在反义链上，所以用负数表示可以查询具体核苷酸序列点击Graphics----Tools------SequeceTextView寻找promoter区域点击GoToPosition,输入-14873887，点击PrevPage找到具体位置复制白底黑色区域即为promoter区域。白底黑字为启动子区域紫底黑字为基因区域粉底黑字为编码区，ATG为启示密码子寻找promoter区域在前两张幻灯片中选择FASTA在右边Changeregion

4、shown输入14871887到14873887Displayoptions选择Showreversecomplement可以直接得到FASTA格式的promoter核苷酸序列（似乎有一个bp的差距，可以输入14871887到14873886）寻找promoter区域http://www.genome.ucsc.edu/选择genomes在clade选择Mammal，genome选择Human，assmebly选择最新的数据库，gene中输入ANKH点击Tables在track中选择RefSeq

5、Genes，在outputformat中选择sequence点击getoutput。选择genomic。寻找promoter区域选择Promoter/Upstreamby2000basesExonsinuppercase,everythingelseinlowercase外显子大写，其他小写寻找promoter区域选择Promoter/Upstreamby2000basesExonsinuppercase,everythingelseinlowercase外显子大写，其他小写寻找promoter

6、区域小写字母为promoter区域大写字母为基因区域，与NCBI结果相同ATG为CDS区起始密码子寻找promoter区域http://www.ensembl.org/index.html选择human输入ankh选择Gene，点击GeneIDENSG00000154122点击左边的Exportdata寻找promoter区域5Flankingsequence输入2000OptionsforFASTAsequence中Genomic选5Flankingsequence，deselectall点击

7、Next（不管正反此法都适用）寻找promoter区域得到2000bases的核苷酸序列寻找promoter区域http://www.genecopoeia.com/点击searchproduct，选择promoterclones，因为没有ANKH的信息，此处输入FIBRONECTIN选择目的基因寻找promoter区域点击clickheretoviewthepromotersequence得到promoter信息丁香园网友给出的方法链接：http://www.dxy.cn/bbs/topic/

8、22383665预测Transcriptionfactorbindingsite用Jasparhttp://jaspar.genereg.net/用PROMOhttp://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3用TFSEARCH（据说用的是TRANSFAC很旧的数据库）http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html用商业数据库TRANSFAC（要付费）http