玉米MIR166基因家族的进化与功能研究.pdf

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1、南方农业学报JournalofSouthernAgnculture2015．46(8)：1345—1349ISSN2095—1191；CODENNNXAABhttp：／／www．nfnyxb．cornDOI：10．3969／j：issn．2095-1191．2015．08．1345玉米MIR166基因家族的进化与功能研究王艳芳1，赵彦宏"，刘林德1，周瑞莲1(1鲁东大学生命科学学院，山东烟台264025；2鲁东大学农学院，山东烟台264025)摘要：【目的】分析玉米MIRl66基因家族的序列特征、分子进化及靶基因等，了

2、解MIRl66基因家族在玉米生长发育与逆境胁迫响应中的调控作用。【方法】运用生物信息学方法在miRBase中搜索zma．MIRl66基因家族的序列，用BLAST搜索工具进行基因定位；采用ClustalW2软件进行多序列比对，用MEGA6．0构建zam．MIRl66家族的系统发育进化树；利用psRNATarget软件对zma．MIRl66基因家族的靶基因进行预测。【结果】通过搜索，在玉米中找到14个zlna．MIRl66基因，并获得其对应的14个前体序列及由其产生的26个成熟miRNA序列。znla．MIRl66基因家族

3、在产生成熟miRNA的位置高度保守，其他位置则保守性减弱。基因定位结果发现，zlna．MIRl66基因家族的14个成员分布在染色体1、3、4、5、6、7等6条染色体上，其中以染色体1上zma．MIRl66基因最多，共有5个。进化分析结果表明，14个znla．MIRl66基因家族成员分别处于3个进化分支，而同处于一条染色体上的成员的亲缘关系较远。对zam．MIRl66基因家族的靶基因进行预测，发现zma—MIRl66基因家族靶基因功能涉及发育调控蛋白家族、胁迫相关蛋白、光系统I作用中心亚基、转座子插入位点等。【结论】za

4、m．MIRl66基因家族序列保守性较高，具有明显的家族特征与相似的功能，在玉米生长发育和胁迫响应等生物过程中发挥广泛而重要的调控作用。关键词：玉米；MIRl66；基因家族；分子进化；靶基因预测中图分类号：S513文献标志码：A文章编号：2095—1191(2015)08—1345—05MolecularevolutionandfunctionofMIRl66genefamilyinmaizeWANGYan—fang1，ZHAOYan—hong"，LIULin-del，ZHOURui-lianl(1SchoolofLif

5、eSciences，LudongUniversity，Yantai，Shandong264025，China；2SchoolofAgriculture，LudongUniversity，Yantai，Shandong264025，China)Abstract：【Objective】Thecomprehensiveanalysisofsequencecharacters，molecularevolution，andtargetgenepre—dictionofMIRl66genefamilyinmaizewerecond

6、uctedinordertolaythefoundationforunderstandingtheirrolesinreg·ulatingthedevelopmentandadversitystressresponse．【Method]Thesequencesofzma-MIRl66genefamilyweresearchedinmiRBasebyusingbioinformaticsmethod．GenemappingwasperformedusingBLASTt001．ThenClustalW2wasusedfor

7、multiplesequencealignmentandMEGA6．0wasusedforconstructingphylogenetictreeofzma—MIRl66genefamily．Fur-thermore．targetgenesofzma-MIRl66genefamilywerepredictedbypsRNATargett001．【Result]Atotalof14zma—MIRl66genewerefoundinmiRbase，andtheir14precursorsequencesand26matur

8、emiRNAsequencesofzma—MIRl66genefamilywereobtained．Multiplesequencealignmentofprecursorsequencesshowedthat，theregiongeneratingmaturemiRNAwashigherconservative．Genemapp