日本三角涡虫转录组、再生表达谱及小RNA谱的鉴定与分析.pdf

《日本三角涡虫转录组、再生表达谱及小RNA谱的鉴定与分析.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在工程资料-天天文库。

1、AthesissubmittedtoZhengzhouUniversityforthedegreeofMasterIdentificationandanalysisoftranscriptome，DGEsandsmallRNAsofdifferentregenerationperiodsinplanarianT、·●‘UugesialapomcaByYunfeiQinSupervisor：Prof．ShoutaoZhangSubject：BiochemistryandMolecularBiologyDepartmentofBioengineeringMay2012原创

2、性声明4litIIIIItlIIIIIIIqY2102666本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的科研成果。对本文的研究作出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本声明的法律责任由本人承担。学位论文作者：上瘭云仫日期：加72，年‘月／日学位论文使用授权声明本人在导师指导下完成的论文及相关的职务作品，知识产权归属郑州大学。根据郑州大学有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留或向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅；

3、本人授权郑州大学可以将本学位论文的全部或部分编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或者其他复制手段保存论文和汇编本学位论文。本人离校后发表、使用学位论文或与该学位论文直接相关的学术论文或成果时，第一署名单位仍然为郑州大学。保密论文在解密后应遵守此规定。学位论文作者：瘭云毋日期：沙，≯年‘月／7日摘要’链呻铷组织的再生一直是现代发育生物学中一个神秘的话题。正是由于研究再生的一些动物，如水螅或涡虫并不是标准的实验室模式生物才滞后了对再生的研究，因此利用现代分子遗传学技术来研究再生机制受到了部分制约。目前，再生被认为与胚胎发育过程具有相似的分子机制。而涡虫再生是再生中研

4、究最受关注的课题之一，因为其体内具有丰富的被称作neoblasts的干细胞群使得它在失去的身体部分组织后能表现出非凡的再生能力，而正是这种超强的再生能力，使得它日益成为研究再生和干细胞生物学的经典模式生物。在近几年中，新一代测序技术作为高通量序列测定的主要方法，大大提高了基因的发现的效率，速度和准确度。通过Illumina系统来对生物体的转录组进行测序时，一般需要具有完整基因组信息，使得测序所产生的短片段能依据基因组信息有效地被组装和定位。转录组测序技术目前已经应用到人类，酵母，小鼠和拟南芥等模式生物中，从而开创了对整个转录组基因表达量分析和突变等的研究。Illumi

5、na的技术还可以利用特定的软件，用生物信息学软件来对没有参考基因组信息的物种进行从头组装和注释。此外，高通量测序技术在DGE系统和小RNA的测序中也有着很广泛的应用。在本次实验中，我们报道了日本三角涡虫转录组高通量测序的信息。通过测序，我们一共获得了11,913，548条转录组的短序列，通过一系列组装后，这些短序列被组装成37，218条unigenes。之后，我们又通过不同的蛋白数据库对这些unigenes进行组装。据我们所知，本次实验是对三角涡虫转录组的首次研究。此外，我们还基于标签的数字基因表达系统(DGE)研究了在不同再生时期下涡虫转录水平的变化情况。我们在研究

6、涡虫再生过程中转录水平变化的检测时是通过使用基于短标签的DGE系统，我们选取了三个不同的再生时期：再生0天，再生1天和再生3天。最终，我们每组分别获得了超过350万个shorttags，并确定了在各个再生阶段中的差异表达标签。在对这些标签序列与参考基因序列对比后，我们得到了数以百计的差异变化的基因。本实验结果为研究涡虫再生转录信息的变化提供了一个相当全面的基因背景，对于研究涡虫再生具有深远的意义。近年来，小分子RNA分子在许多方面受到越来越多的关注和研究，其中也摘要包括在再生和干细胞生物学等领域。在本实验中，我们通过高通量测序手段大规模的克隆和鉴定了正常和再生的日本三

7、角涡虫小RNA(sRNA)信息。序列分析表明，在涡虫中18nt到40nt之间的sRNA主要是microRNA(miRNA)和piRNA。本实验一共搜寻到了209条保守的miRNA和12个新的miRNA，并对新的miRNA进行了实验鉴定。我们还比较了再生组和正常组的miRNA和piRNA的表达境况，进行了序列的差异性分析，并得出了一些再生差异性的序列。值得注意的是，我们还根据miRNA和其靶mRNA的负相关关系，针对差异的miRNA，构建了涡虫靶预测的信息库，提高了靶预测的准确性。本次实验也是首次针对sRNA对日本三角涡虫进行再生的研究。关键词：涡虫，