DGGE条带多样性指数等分析.doc

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1、1、首先将JPG格式转换为TIF格式（根据自己的情况选择软件）2、将TIF格式图片导入QuantityOne（用打开命令即可）3、点击Lane命令，出现下拉菜单，点击FrameLanes（如果命令键为灰色，请下载补丁安装。）在出现的对框中填入泳道数，点击OK，进行调整，使红色线条尽量在泳道的中间部位，整体拉动lane框架，还可以进行单独的调整，在lane命令下的singlelane—adjustlane。4、调整好lane后，点击band下的detectbands出现下图在软件右方位置，有如下对话框，可根据需要设置红色框区域的属性（包括密度、宽度等）。调整好了，再根据实际情况，手动添加删除调动

2、条带，采用褐色框的命令。（需要耐心）5、调整好后，如下图（仅仅是假设图）点击match下的match命令，会出现下图。根据实际情况，采用match与unmatch调节自己的条带的迁移率的匹配度，这一步最关键，最需要耐心，匹配有问题，就用unmatch取消再进行match命令，心静就行。1、match完成后，假如上图，即可导出一系列reports。Repots很多，但计算多样性指数的为lanereport，如下图选择一些指标，点击report。依次点击红色框命令，保存txt到指定文件夹下，将txt文件里的数据复制粘贴到excel中，如下图：CDBA将第一条泳道的averageint进行求和，上图

3、A列；用averageint值比上A列计算的求和，得出B列数值；对B列数值求自然对数相反数值，得到C列；再将B与C列数值相乘，得到D列数值；最后将每一条泳道的D列值求和，即得到该条泳道的多样指数，通常用H表示。丰富度（E）的计算很简单，即是数每条泳道有多少条带，如上表中，泳道一就有13条带数，所以丰度度为13.均匀度（Eh）首先取丰度的自然对数值，再用多样性指数除以该对数值即可。