Phylip中文使用说明.doc

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1、Phylip中文使用说IntroductionPHYLIP程序的运行这些程序要按照一定的顺序来运行。前一个程序的输出作为下一个程序的输入。如何合理的组合这些程序也很关键。在windows中，PHYLIP程序可通过双击程序的图标来启动，或是在命令行中输入程序的名称来启动。我们建议使用命令行方式，因为你也许能看到一些错误提示。它启动的方是：开始->所有程序->附件->命令提示符。大部分PHYLIP程序运行方法相同。程序把infile作为默认输入文件，如果没有找到它将要求用户输入数据文件的名称。输出结果写在ou

2、tfile文件中。有些则写在outfile和outtree或plotfile中。因为大部分程序使用默认的输入和输出文件名，所以在下一步的分析前，要重命名你想保存的文件。比如，你用Dnadist得到了距离矩阵（outfile），你还想试试不同的设置，那么再做矩阵计算前，你可以把outfile重命名为dnadist_outfile，或其它名称，这样你就能区别两次的结果了。 程序 重抽样工具该程序生成一系列的特殊的随机样本，保存在outfile中。这些样本在后继的分析中作为一个序列对文件，要设置选项M（usem

3、ultipledatasets）。Seqboot         生成随机样本，用bootstrap和jack-knife方法。距离方法：顺序使用这些程序。首先，用dandist或protdist程序计算序列比对结果的距离矩阵。接着这个矩阵被fitch、kitsch或neighbor程序转换为树。Dandist和protdist程序的输出文件是outfile。在运行fitch、kitsch或neighbor前，outfile应该重命名为infile或另外的名字。fitch、kitsch和neighbor的

4、输出文件是outfile和outtree。Dnadist                DNA距离矩阵计算器Protdist                蛋白质距离矩阵计算器Fitch                    没有分子时钟的Fitch-Margoliash树Kitsch                  有分子时钟的Fitch-Margoliash树Neighbor       Neighbor-Joining和UPGMA树 基于字符的方法这些程序读入一个序列对，它们的输出文件是outfi

5、le和outtree。Dnapars               DNA简约法Dnapenny            DNA简约法usingbranch-and-boundDnaml                 DNA最大似然，无分子时钟Dnamlk                DNA最大似然，有分子时钟Protpars               蛋白质简约法Proml                  蛋白质最大似然法  画树这些程序可画newick格式的树。如，danml程序生成的树。Draw

6、gram和drawtree生成文件为plotfile，而retree生成outtree。Drawgram            画有根树Drawtree              画无根树Retree                  interactivetree-rearrangement一致树用多重树构建一致树。如，dnapars可生成多重树，可用consense程序来汇总。Bootstrap的结果也由它来汇总为一棵majorityruletree。Consense              dra

7、wsconsensustreesfrommultipletrees 树的距离计算多个树间的基于拓朴结构的距离。该方法可用来比较不同分析方法的结果。Treedist                计算树拓朴结构间的距离 Example距离法一．获取序列一般自己通过测序得到一段序列（已知或未知的都可以），通过NCBI的BLAST获取相似性较高的一组序列，下载保存为FASTA格式。用BIOEDIT等软件编辑序列名称，注意PHYLIP在DOS下运行，文件名不能超过10位，超过的会自动截留前面10位。二、多序列比对

8、目前一般应用CLASTALX进行，注意输出格式选用PHY格式。生成的指导树文件（DND文件）可以直接用TREEVIEW打开编辑，形式上和最终生成的进化树类似，但是注意不是真正的进化树。在clusterx中，生成的phylip文件的序列名称被截断成10字符，所以命名时注意要让树中出现什么名字。三、构建进化树N-J法建树依次应用PHYLIP软件中的SEQBOOT.EXE、DNADIST.EXE、NEIGHBOR.EXE和CONSE