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1、<>内为需要输入的内容，但不包括括号。所有命令都需要在MrBayes>的提示下才能输入。文件格式：文件输入，输入格式为Nexusfile（ASCII，asimpletextfile，如图）：或者还有其他信息：interleave=yes代表数据矩阵为交叉序列interleavedsequencesnexus文件可由MacClade或者Mesquite生成。但Mrbayes并不支持thefullNexusstandard。同时，Mrbayes象其它许多系统软件一样允许模糊特点，如：如果一个特点有两个状态2、3，可以表示为：(23)，(2,3)，{23}或者{2,3}。但除
2、了DNA{A,C,G,T,R,Y,M,K,S,W,H,B,V,D,N}、RNA{A,C,G,U,R,Y,M,K,S,W,H,B,V,D,N}、Protein{A,R,N,D,C,Q,E,G,H,I,L,K,M,F,P,S,T,W,Y,V,X}、二进制数据{0,1}、标准数据（形态学数据）{0,1,2,3,4,5,6,5,7,8,9}外，并不支持其他数据或者符号形式。执行文件：execute或缩写exe，注意：文件必须在程序所在的文件夹（或者指明文件具体路径），文件名中不能含有空格，如果执行成功，执行窗口会自动输出文件的简单信息。选
3、定模型：通常至少需要两个命令，lset和prset，lset用于定义模型的结构，prset用于定义模型参数的先验概率分布。在进行分析之前可以执行showmodel命令检查当前矩阵模型的设置。或者执行helplset检查默认设置（如图）：略Nucmodel用于指定DNA模型的一般类型。我们通常选取标准的核苷酸替代模型nucleotidesubstitutionmodel，即默认选项4by4。另外，Doublet选项用于pairedstemregionsofribosomalDNA的分析，Codon选项用于DNAsequenceintermsofitscodons的分析。替
4、代模型的一般结构一般由Nst设置决定。默认状态下，所有的置换比率相同，对应于F81模型（JCmodel）。一般我们选用GTR模型，即nst=6。Code设置只有在DNA模型设置为codon的情况下才使用。Ploidy设置也与我们无关。Rates通常设置为invgamma(gamma-shapedratevariationwithaproportionofinvariablesites)，Ngammacat(thenumberofdiscretecategoriesusedtoapproximatethegammadistribution)一般采用默认选项4。通常这个设置
5、已经足够，增加该选项设置的数量可能会增加似然计算的精确性，但所花时间也成比例增加，大多数情况下，由增加该数值对结果的影响可以忽略不计。余下的选项中，只有Covarion和Parsmodel与单核苷酸模型相关，而我们既不会采用parsimonymodel，也不会采用thecovariotidemodel，故保留默认状态。在对矩阵作了以上修改后，重新输入helplset命令，可以查看变化后的设置。设置先验参数prior：现在可以为模型设置先验参数了。模型有6种类型的参数：thetopology,thebranchlengths,thefourstationaryfreque
6、nciesofthenucleotides,thesixdifferentnucleotidesubstitutionrates,theproportionofinvariablesites,andtheshapeparameterofthegammadistributionofratevariation.默认参数在大多数分析中都已足够，通常不许修改，如需立即使用，这部分可以跳过。通过输入helpprset可以获得模型的各参数默认设置列表：略，我们只对Revmatpr(forthesixsubstitutionratesoftheGTRratematrix),State
7、freqpr(forthestationarynucleotidefrequenciesoftheGTRratematrix),Shapepr(fortheshapeparameterofthegammadistributionofratevariation),Pinvarpr(fortheproportionofinvariablesites),Topologypr(forthetopology),Brlenspr(forthebranchlengths)这几项设置作简单介绍。RevmatprandStatefreqpr的默认的先验概率
