系统发育分析教程.docx

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1、系统发育分析教程大致流程：1.从18个mtDNA基因组中提取rRNA基因12S、16S和蛋白质基因ND1、ND2、CytB2.分别进行序列比对，并进行比对精制3.将精制比对结果串联成一个独立的分析文件，记录基因位置4.NJ分析(MEGA)5.MP分析(PAUP)6.ML分析(RAXML)7.贝叶斯分析(MRBAYES)1•安装DNASTAR软件（乂名Lasergene）DNASTAR.Lasergene.v7.!,软sLa件内包含很多组件CommuterLicenseManagerGeneQuestLicenseManagerMeg

2、AlignPrimerSelectProteanSeqBuilderSeqManEditSeqUninstallLasergene72.例子中有18个转录组的数据，ctrl+A,点住第一个文件拖到DNASTAR的MegAlign里。面Amphiumamean.seq園Batrachosepsattenuatus.seqBatrachuperuslondongensis.seq團回Dicamptodonatterimus.seq回Euryceabislineata.seq恸Proteusanguinus.seq型Pseudobranc

3、husaxanthus.seqRicvac确保MegAlign左侧的序列名称完金按照英文字母顺序来排。MegAlign・[Untitled]縛FileEditAlignViewOptionsNetSear3•双击第一条序列，在出来的选框屮选取12S序列，点击NEXT。SequenceName20v*7"""二卜・；…口;邈FileEditAlignViewOptionsNetSearchWindowHelp冈Consensus18Sequencesrox^hxiusaxnean.seAnexdesHaxdxi.sBa^zachose

4、psBa^zachupexus二oCryptobranchu.3aDxcaz^^o^oc.EuzyceabxslxneaHecturusbeyexx.Pelobac«9.9eqProteusanguxnusPscudobzanchusaPs«udocxxtoncubRhinarxesia.s«qRhyacovxi^onvarSixeninccxmediaUraeotsyphlua.seqXenopustropicalGTTAATGTAGCTrAATTAAAGCAI步GTTAATGTAGCTTAAATAAAAGTG1GTTTATGTA

5、GCTTAAXCAACTAAACSCTAGTATAGCITAACIAAAGCATCGTTTATGTAGCTTAATrAAAGTATJGTTAGTATAGCTTATTTAAAGCA.CJGTTAGTGTAGCTTAAAATTAAAKGCGCTAGCGTAGCTTACCAAAAGCATCGTTTATGTAGCTTACATAAAGTGTCGTTATTGTAGCTTAAATAAAGCACJGTTAGTGTAATTTATTAAAAATGTtOTTAOTOTAGCTTATTCAAAGTOTjCTAGTOTAGCTTAAXCrrAAASCGCGC

6、CCATGTXGCTTACGCTXAAAACKGTTCACGTCACTTXXTTrAAAGTrGTTAGTGTAGCTTAXTTAAAGCAC

7、ign-[Untitled]篦FileEdit[Align]ViewOptionsNetSearchWindowHelpfCAAGrCAAGrCAAGfCAAGrCAAGrCAAGrCAAGrCAAGfCAAGfCAAG等待程序对齐完成。506070J/「:逵AlignmeatProgressPairwiseProgressStaLtus97.1%PercentCompleteAligning17thAncestoroutof18Cancel10这吋的序列应该已经对齐了。

8、——AATAAAATATTACTTTAAACTT——ATTA2lAIAACATT--AATAAAATAAAAACCATAA--5•将结果存为12S.MSFZMSF格式可以同时保存多个序列文件。6•重复2・5步，分别挑出16S、ND1、