微生物基因组denovo测序分析流程

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1、#流程大放送#微生物基因组Denovo测序分析知因无限一介绍微牛物基因组Denovo测序分析也叫微住物基因组从头测序分析，指不依赖于任何参考序列信息就可对某个微半物进行分析的测序分析技术，用生物信息学的方法进行序列拼接获得该物种的基I大1组序列图谱，然后进行注释等后续一系列的分析。微生物Denovo基因组测序及分析技术町以应用于医药卫生等领域。二技术应用领域1、基因组图谱的系统性构建例子：过去儿个月，肠病SD68令数百名美国儿童患病。华盛顿大学的研究人员测序和分析了肠病D68(EV-D68)的基因组，这一成果将发表在新一期的EmergingInfectiousDiseas

2、es杂志上。(GenomeSequenceofEnterovirusD68fromSt.Louis,Missouri,USA)肠病毒D68(EV-D68)能在儿童中引起严重的呼吸道疾病。其基因组序列可以“帮助人们开发更好的诊断测试，’洪同作者GregoryStorch说。“有助于解释病毒感染为什么会造成严重的疾病，以及EV-D68为什么比过去传播得更广。"(來自于生物通的报道)2、微生物致病性和耐药性位点检测及相关基因功能研究例了：根据分泌蛋白、毒力因了、致病岛、必需基因等结果去探讨所测物种致病性和耐药性。3、微生物的比较基因组分析，确定各个近缘微生物中的系统发育关系二基

3、本分析流程图原始剧序赠•基因组夭小评倍•GC分布评估•垄因组大小•Contig总数和N50•基因组GC含量•60功囲•KEGG通路注释•Swinpro谶据库注释坊髓分矣三可能的结果展示图■1*00^clwn示例图1微心物基因组的功能注释Tooo1.01.0001.000Streptococcuspyogenes(13)Streptococcusdysgalactiaesubsp.equisimillsGGS124Streptococcusequi(3)StreptococcusparauberisKCTC11537Streptococcusuberis0140JStrep

4、tococcusagalactiae(3)treptococcusmacedonicusACA-DC198reptococcusgallolyticussubsp.gallolyticusATCCBAA-2069treptococcusgallolyticusUCN34StreptococcuspasteurianusATCC43144•StreptococcusequinusHSISB1Streptococcusmutans(2)StreptococcusthermophilusLMG18311StreptococcusthermophilusCNRZ1066Strep

5、tococcusthermophilusLMD-90755

6、j•StreptococcussalivariusHSISS41d•StreptococcussalivariusHSISS1StreptococcussalivariusCCHSS3•StreptococcussalivariusHSISS2•StreptococcussalivariusHSISS3Streptococcuspneumoniae(14)StreptococcuspseudopneumoniaeIS7493StreptococcusmitisB6StreptococcusoralisUo5Str

7、eptococcussanguinisSK36Streptococcusgordoniistr.Challissubstr.CH1r•StreptococcusparasanguinisHSISM1oooLStreptococcusparasanguinisATCC159121.0000.Streptococcussuis(6)示例图2微生物基因组的系统进化关系注：以上图片和文字來自参考文献21。团队个性化分黒计服务用户成员55项月市癌httDz/Avww.lunizcancerdatabase.com7近部分&记号：胃府httD：//cadb.microsci.com/

8、1002015SR166820骨肉痫httD：//osdb,microsci.co!n/名硕2015SR149086httD：//Dancdb.microsci.com/mh2015SR138853肝癌：htiD：//wwu.ncbi.nlm.nih.2ov/oubined/20479783分析20I5SR11656X辖繁荊性状：hun：//ww\iicbi.nlrn.nihnov/nubincd/2070792X团队拟南芥：httD：//www.ncbi.nlm.nih.KOv/Dubnuxl/21036873絢物不良反应