动植物基因组denovo常见问题.doc

《动植物基因组denovo常见问题.doc》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在工程资料-天天文库。

1、`动植物基因组denovo常见问题基础知识1、什么是基因组denovo测序？答：对某一物种进行高通量测序，利用高性能计算平台和生物信息学方法，在不依赖于参考基因组的情况下进行组装，从而绘制该物种的全基因组序列图谱。2、普通基因组的定义？答：单倍体，纯合二倍体或者杂合度<0.5%，且重复序列含量<50%，GC含量为35%到65%之间的二倍体。3、复杂基因组的定义？答：杂合率＞0.5%，重复序列含量＞50%，GC含量处于异常的围（GC含量＜35%或者GC含量＞65%＝的二倍体，多倍体。　　诺禾致源对二倍体复杂基因组进一步细分为微杂合基因组（0.5%＜杂合率＜0.8%

2、＝、高杂合基因组（杂合率＞0.8%）以及高重复基因组（重复序列比例>50%）。4、怎么查询基因组的大小？Word文档`答：查询植物基因组大小的：data.kew.org/cvalues/CvalServlet?querytype=2；　　查询动物基因组大小的：.genomesize./search.php。5、基因组的项目周期？6、基因组承诺的组装指标？答：简单基因组：contigN50>20K，scaffoldN50>500K；　　复杂基因组：contigN50>20K，scaffoldN50>300K。样品要求1、动植物基因组测序对取样有什么要求？答：植物：

3、需要黑暗无菌条件下培养的黄化苗、组培苗，基因组样本量500μg~1mgWord文档`，越多越好。选择纯合或杂合度尽可能小的样品（杂合度<0.5%）。　　动物：应选取肌肉、血液等含脂肪较少的部位取样，尽量选择同一个体取样，以减少个体差异性对后续拼接的影响。基因组样本量500μg~1mg，越多越好。样本的性别决定模式是XY型，则尽量选择雌性个体（XX型），如果是ZW型，则尽量选择雄性个体（ZZ型）。2、全基因组测序对DNA样本有什么要求？答：（1）样品需求量（单次）：小片段文库，≥3μg；2Kb~5Kb大片段文库，≥20μg；10Kb~20Kb大片段文库，≥60μg

4、；完成全基因组测序样品DNA量需求约为500μg~1mg；       （2）样品浓度：对于小片段文库，≥50ng/μl，对于2Kb~5Kb大片段文库，≥150ng/μl；对于10Kb~20Kb大片段文库，≥150ng/μl；       （3）样品纯度：OD260/280=1.8~2.0；无蛋白质、RNA污染或肉眼可见杂质污染；       （4）样品质量：基因组完整。如需建立≥5Kb的插入片段文库，则电泳结果，基因组DNA主带≥23Kb；脉冲场电泳结果，基因组DNA主带≥40Kb。文库构建Word文档`1、基因组测序的文库构建及测序策略？答：简单基因组：18

5、0bp、500bp、2K、5K、10K；PE100测序；测序深度一般为100-150X；       复杂基因组：180bp、300bp、500bp、2K、5K、10K、20K；PE100测序；测序深度一般为200-300X。2、DNAFragment文库的定义、用途及实验流程？答：（1）定义：将基因组或大片段DNA随机打断成＜800bp的小片段（主要为200bp、300bp、500bp等），加上特定接头做成DNA文库后直接对DNA片段进行单末端（Single-End）或者双末端（Paired-End）测序，不需要克隆到细菌中，可以获得大量的DNA序列信息。  

6、     （2）用途：DNAFragment文库制备的整个过程只需2天，单末端测序长度可达100bp，双末端为200bp。该技术测序通量高，可在全基因组水平上最大限度的、完整的获取基因组及多态性信息。广泛地应用于基因组的denovo测序、基因组重测序、BAC测序和长片段PCR产物测序等。       （3）实验流程：Word文档`3、DNAmate-pair文库的定义、用途及实验流程？答：（1）定义：首先将基因组DNA随机打断到特定大小（2-20kb）；然后经末端修复，生物素标记和环化等实验步骤后，再把环化后的DNA分子打断成400-600bp的片段并通过带有链

7、亲和霉素的磁珠将带有生物素标记的片段捕获。这些捕获的片段再经末端修饰和加上特定接头后建成大片段文库，不需要克隆到细菌中，直接在Illumina测序仪上进行测序。通过大片段文库构建，从而获得基因组中较大跨度（2-20kb）片段两端的序列。       （2）用途：DNAMate-pair文库制备的整个过程需要5天，这种从较大跨度两端所获得的序列对基因组denovoWord文档`项目的组装和基因组结构变异发掘具有非常重要的作用。       （3）实验流程：信息分析1、什么是Read、Contig、Scaffold？答：Read：测序读到的碱基序列片段，测序的最小单

8、位；　　Contig：由