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《基于全基因组信息鉴定中国荷斯坦牛产奶性状基因及功能注释》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在工程资料-天天文库。
1、发表于：畜牧兽医学报,43(6):872-877,2012.基于全基因组信息鉴定中国荷斯坦牛产奶性状基因及功能注释齐超叶，谢岩匕吴晓平】，姜丿J',刘剑锋】，孙东晓％,张釦,张沅('中国农业大学动物科技学院,北京100193)摘要：(H的)课题组前期研究某于中国荷斯坦牛女儿设计资源群体，采用Illumina公司Bovine50K微珠芯片对产奶性状进行了全基因组关联分析(GWAS),利用传递不平衡(L1-TDT)和回归分析(MMRA)两种统计分析方法共同检测到35个显苦SNP位点，木研究旨在基于该GWAS结果进一步对产奶性状基因进彳亍鉴定及功能注释。(
2、方法)基于牛基因组序列草图(Btau4.2),»生物信息学和比较基因组学方法进行显著SNPs位置候选基因筛查和功能预测。(结果)分析发现，12个SNP位点位于基因内部，23个位于基因侧翼，最终鉴定到28个位置候选基因并确定了其物理位置、基因类型及潜在功能。基因功能可归纳为7种类塑：调节机体营养成分代谢和平衡、细胞骨架或基质成分、调节细胞增殖和周期及凋亡、参与细胞信号转导和盐离子通道构成、具有激酶活性和参与mRNA转录调控。(结论)该研究为进一步鉴定小国荷斯坦牛产奶性状主效基因及功能验证打下了基础。关键词：中国荷斯坦牛；全基因组关联分析；产奶性状；功能
3、注释中图分类号：文献标识码：A文章编号：IdentificationandAnnotationofGenesAffectingMilkProductionTraitsinChineseHolsteinBasedonGWASAbstract:(Objective)Ourpreviousgenome-wideassociationstudies(GWAS)withIlluminaBovine50Kchiphaveidentified35significantSNPsassociatedwithoneormultiplemilkproductiontrai
4、tsinaChineseHolsteinpopulationfromBeijingregionwithdaughterdesign.ThepurposeofthisstudywastodeterminepotentialgenesaffectingmilkyieldandmilkcompositionandfunctionannotationbasedonsuchGWASresults.(Methods)Throughbioinformationandcomparativeanalysis,potentialgenesandfunctionpredi
5、ctionwereperformed.(Results)Wefoundthat12of35significantSNPswerelocatedwithingenesand23wereintheflankingregionbasedonBtau4.2database.Asaresult,total28genescorrespondingtotheaforementioned35SNPsweredeteiTnined.Thefunctionsofsuchgeneswereclassifiedinto7categories,includingregulat
6、ebodymetabolismandnutrientbalance;cytoskeletonorextracellularmatrix,regulationofproliferation,cellcycleandapoptosis;cellsignal基金项目：国家自然科学基金(31072016)、国家科技支撑项目(2011BAD28B02)、农业部948项目(2011-G2A)、转基因生物新胡种培育遠大专项(2009ZX08009-156B)和教育部新世纪优秀人才支持汁划资助。第一作者简介：齐超(1986-),男，山东商河县人，硕士，Tel:010
7、-62732768,EmaU:lssqc@163.com；谢岩(1985-),女，河北兴隆县人，硕士，Tel:010-62732768,Email:xicy.300822@y“h()().c()m.cnc*通讯作者：孙东晓，女，教授，博导，E-mail：sundx@cau.edu.cn。transductionandsaltionchannelcomposition;kinaseactivity;mRNAtranscriptionandtranslationrcgulation.(Conclusion)Ourfindingscouldbeuseful
8、forfurtherinvestigationsongeneidentificationandfunctio
