基于全基因组信息鉴定中国荷斯坦牛产奶性状基因及功能注释

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1、发表于:畜牧兽医学报,43(6):872-877,2012.基于全基因组信息鉴定中国荷斯坦牛产奶性状基因及功能注释齐超1,谢岩1,吴晓平1,姜力1,刘剑锋1,孙东晓1*,张勤1,张沅1(1中国农业大学动物科技学院,北京100193)摘要:(目的)课题组前期研究基于中国荷斯坦牛女儿设计资源群体,采用Illumina公司Bovine50K微珠芯片对产奶性状进行了全基因组关联分析(GWAS),利用传递不平衡(L1-TDT)和回归分析(MMRA)两种统计分析方法共同检测到35个显著SNP位点,本研究旨在基于该GWAS结果进

2、一步对产奶性状基因进行鉴定及功能注释。(方法)基于牛基因组序列草图(Btau4.2),采用生物信息学和比较基因组学方法进行显著SNPs位置候选基因筛查和功能预测。(结果)分析发现,12个SNP位点位于基因内部,23个位于基因侧翼,最终鉴定到28个位置候选基因并确定了其物理位置、基因类型及潜在功能。基因功能可归纳为7种类型:调节机体营养成分代谢和平衡、细胞骨架或基质成分、调节细胞增殖和周期及凋亡、参与细胞信号转导和盐离子通道构成、具有激酶活性和参与mRNA转录调控。(结论)该研究为进一步鉴定中国荷斯坦牛产奶性状主效基

3、因及功能验证打下了基础。关键词:中国荷斯坦牛;全基因组关联分析;产奶性状;功能注释中图分类号:文献标识码:A文章编号:IdentificationandAnnotationofGenesAffectingMilkProductionTraitsinChineseHolsteinBasedonGWASAbstract:(Objective)Ourpreviousgenome-wideassociationstudies(GWAS)withIlluminaBovine50Kchiphaveidentified35sig

4、nificantSNPsassociatedwithoneormultiplemilkproductiontraitsinaChineseHolsteinpopulationfromBeijingregionwithdaughterdesign.ThepurposeofthisstudywastodeterminepotentialgenesaffectingmilkyieldandmilkcompositionandfunctionannotationbasedonsuchGWASresults.(Methods

5、)Throughbioinformationandcomparativeanalysis,potentialgenesandfunctionpredictionwereperformed.(Results)Wefoundthat12of35significantSNPswerelocatedwithingenesand23wereintheflankingregionbasedonBtau4.2database.Asaresult,total28genescorrespondingtotheaforemention

6、ed35SNPsweredetermined.Thefunctionsofsuchgeneswereclassifiedinto7categories,includingregulatebodymetabolismandnutrientbalance;cytoskeletonorextracellularmatrix,regulationofproliferation,cellcycleandapoptosis;cellsignal基金项目:国家自然科学基金(31072016)、国家科技支撑项目(2011BAD28

7、B02)、农业部948项目(2011-G2A)、转基因生物新品种培育重大专项(2009ZX08009-156B)和教育部新世纪优秀人才支持计划资助。第一作者简介:齐超(1986-),男,山东商河县人,硕士,Tel:010-62732768,Email:lssqc@163.com;8谢岩(1985-),女,河北兴隆县人,硕士,Tel:010-62732768,Email:xiey.300822@yahoo.com.cn。*通讯作者:孙东晓,女,教授,博导,E-mail:sundx@cau.edu.cn。transdu

8、ctionandsaltionchannelcomposition;kinaseactivity;mRNAtranscriptionandtranslationregulation.(Conclusion)Ourfindingscouldbeusefulforfurtherinvestigationsongeneidentificationandfuncti

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