转录组有参结题报告模板

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1、转录组生物信息分析结题报告一、建库测序流程1.TotalRNA样品检测2.文库构建3.库检4.上机测序二、生物信息分析流程三、项目结果说明1.原始序列数据2.测序数据质量评估3.参考序列比对分析4.可变剪切分析5.新转录本预测6.SNP和InDel分析7.基因表达水平分析8.RNA-seq整体质量评估9.基因差异表达分析10.差异基因GO富集分析11.差异基因KEGG富集分析12.差异基因蛋白互作网络分析13.DEU分析四、参考文献五、附录1.文件目录列表2.软件列表3.Methods英文版4.结题报告PDF版C:/DocumentsandSettings/Administrator/桌

2、面/…/Gallus_gallus_TransRefReport.html1/39北京诺禾致源生物信息科技有限公司一、建库测序流程从RNA样品到最终数据获得，样品检测、建库、测序每一个环节都会对数据质量和数量产生影响，而数据质量又会直接影响后续信息分析的结果。因此，获得高质量数据是保证生物信息分析正确、全面、可信的前提。为了从源头上保证测序数据的准确性、可靠性，诺禾致源对样品检测、建库、测序每一个生产步骤都严格把控，从根本上确保了高质量数据的产出。流程图如下：C:/DocumentsandSettings/Administrator/桌面/…/Gallus_gallus_TransRef

3、Report.html2/39北京诺禾致源生物信息科技有限公司1TotalRNA样品检测诺禾致源对RNA样品的检测主要包括4种方法：(1)琼脂糖凝胶电泳分析RNA降解程度以及是否有污染(2)Nanodrop检测RNA的纯度（OD260/280比值）(3)Qubit对RNA浓度进行精确定量(4)Agilent2100精确检测RNA的完整性2文库构建样品检测合格后，用带有Oligo（dT）的磁珠富集真核生物mRNA（若为原核生物，则通过试剂盒去除rRNA来富集mRNA）。随后加入fragmentationbuffer将mRNA打断成短片段，以mRNA为模板，用六碱基随机引物（randomhe

4、xamers）合成一链cDNA，然后加入缓冲液、dNTPs和DNApolymeraseI合成二链cDNA，随后利用AMPureXPbeads纯化双链cDNA。纯化的双链cDNA再进行末端修复、加A尾并连接测序接头，然后用AMPureXPbeads进行片段大小选择，最后进行PCR富集得到最终的cDNA文库。构建原理图如下：3库检文库构建完成后，先使用Qubit2.0进行初步定量，稀释文库至1ng/ul，随后使用Agilent2100对文库的insertsize进行检测，insertsize符合预期后，使用Q-PCR方法对文库的有效浓度进行准确定量（文库有效浓度＞2nM），以保证文库质量。4

5、上机测序库检合格后，把不同文库按照有效浓度及目标下机数据量的需求pooling后进行HiSeq/MiSeq测序。C:/DocumentsandSettings/Administrator/桌面/…/Gallus_gallus_TransRefReport.html3/39北京诺禾致源生物信息科技有限公司二、生物信息分析流程获得原始测序序列(SequencedReads)后，在有相关物种参考序列或参考基因组的情况下，通过如下流程进行生物信息分析：C:/DocumentsandSettings/Administrator/桌面/…/Gallus_gallus_TransRefReport.h

6、tml4/39北京诺禾致源生物信息科技有限公司三、项目结果说明1原始序列数据高通量测序(如illuminaHiSeqTM2000/MiSeq等测序平台)测序得到的原始图像数据文件经碱基识别(BaseCalling)分析转化为原始测序序列(SequencedReads)，我们称之为RawData或RawReads，结果以FASTQ(简称为fq)文件格式存储，其中包含测序序列(reads)的序列信息以及其对应的测序质量信息。FASTQ格式文件中每个read由四行描述，如下：@EAS139:136:FC706VJ:2:2104:15343:1973931:Y:18:ATCACGGCTCTTTG

7、CCCTTCTCGTCGAAAATTGTCTCCTCATTCGAAACTTCTCTGT+@@CFFFDEHHHHFIJJJ@FHGIIIEHIIJBHHHIJJEGIIJJIGHIGHCCF其中第一行以“@”开头，随后为illumina测序标识符(SequenceIdentifiers)和描述文字(选择性部分)；第二行是碱基序列；第三行以“+”开头，随后为illumina测序标识符(选择性部分)；第四行是对应序列的测序质量(Cock